肝硬化患者前瞻性队列中肝细胞癌的代谢组学生物标志物

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/metabolights_dataset/MTBLS8764

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景与目的：由于风险分层不充分以及现有筛查手段性能欠佳，肝硬化患者肝细胞癌（HCC）监测的有效性有限。方法：我们建立了一个接受MRI监测的肝硬化患者多中心前瞻性队列，并对来自203例患者的612份纵向血清样本应用全局非靶向代谢组学。其中，37例在随访期间发生HCC。结果：与未发生HCC的患者（对照）样本相比，我们在HCC发生前采集的样本（病例）中鉴定出150种丰度发生显著变化的代谢物。牛磺酸结合胆汁酸和γ-谷氨酰氨基酸升高，而酰基胆碱和脱氧胆酸衍生物降低。包括丝氨酸和丙氨酸在内的7种氨基酸与HCC风险呈强关联，而N-乙酰甘氨酸和甘油磷酸胆碱则观察到强保护作用。使用150种代谢物、年龄、性别以及PNPLA3和TMS6SF2单核苷酸多态性的机器学习鉴定出15个变量，其性能最佳。

其中，N-乙酰甘氨酸在区分病例与对照方面具有最高的AUC。当将病例限定为肝细胞癌（HCC）前1年内采集的样本（Cases-12M）时，还鉴定出包括微生物群衍生代谢物在内的其他代谢物。机器学习鉴定出的前六个变量（甲胎蛋白、6-溴色氨酸、N-乙酰甘氨酸、水杨尿酸葡萄糖醛酸苷、硫酸睾酮和年龄）的组合在区分Cases-12M与对照方面表现良好（AUC 0.88，95% CI 0.83-0.93）。最后，23种代谢物可将伴有LI-RADS-3病变的病例与伴有LI-RADS-3病变的对照区分开来，其中病例中酰基胆碱和甘油磷酸胆碱相关溶血磷脂的丰度降低。结论：本研究鉴定出N-乙酰甘氨酸、氨基酸、胆汁酸和胆碱衍生代谢物

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。