基于LC-MS的埃及队列血清代谢组学用于肝细胞癌生物标志物识别

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/metabolights_dataset/MTBLS19

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尽管肝细胞癌（HCC）一直受到持续研究且其症状已为人们所熟知，但该疾病的早期诊断仍然困难，诊断后的生存率通常很低（3−5%）。早期准确检测肝硬化患者血清中的代谢变化有助于改善HCC的预后，并有助于在分子水平上更好地理解其机制，从而为患者提供及时的治疗。在本研究中，我们采用超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱仪（UPLC-QTOF MS）比较了来自埃及的40例HCC患者和49例肝硬化患者血清中的代谢物水平。经过数据预处理后，通过统计方法筛选出区分HCC病例与肝硬化对照最相关的离子。通过基于质量的数据库检索获得了这些离子的推定代谢物鉴定结果。通过将部分推定鉴定结果的MS/MS碎片模式和保留时间与真实化合物进行比较，验证了这些鉴定结果的身份。

最后，对血清样本重新分析，以定量作为HCC候选生物标志物的选定代谢物。该定量采用同位素稀释法，通过选择性反应监测（SRM）在三重四极杆线性离子阱（QqQLIT）与UPLC联用系统上进行。对UPLC-QTOF数据的统计分析确定了274个单同位素离子质量，这些离子在HCC病例与肝硬化对照之间的离子强度存在统计学显著差异。通过基于质量搜索比对数据库，获得了158个离子的推定鉴定结果。我们验证了选定的推定鉴定结果，包括甘胆酸（GCA）、甘氨脱氧胆酸（GDCA）、3β,6β-二羟基-5β-胆烷-24-酸、油酰肉碱和Phe-Phe。基于SRM的定量证实了HCC与肝硬化对照之间存在显著差异。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。