基于GC-MS的血浆代谢组学鉴定埃及队列肝细胞癌候选生物标志物

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/metabolights_dataset/MTBLS105

标准获取流程：

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数据说明

本研究通过气相色谱-质谱联用（GC-MS）分析人血浆，评估肝细胞癌（HCC）病例与肝硬化患者之间代谢物水平的变化。采用两种GC-MS平台对埃及招募参与者的血浆样本进行非靶向代谢组学分析：气相色谱与单四极杆质谱仪联用（GC-qMS）以及气相色谱与飞行时间质谱仪联用（GC-TOFMS）。通过ANOVA模型筛选出离子强度具有统计学显著变化的分析物。这些分析物以及从相关研究中筛选出的其他候选物，进一步在非靶向代谢组学分析中相同参与者的血浆样本中进行靶向分析评估。靶向分析采用选择离子监测（SIM）模式下的GC-qMS进行。该方法证实，与肝硬化患者相比，HCC病例中谷氨酸、柠檬酸、乳酸、缬氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、α-生育酚、胆固醇和山梨糖的水平存在显著变化。

具体而言，我们的发现表明，参与支链氨基酸（BCAA）代谢的代谢物出现上调。尽管BCAAs日益被用作癌症恶病质的治疗手段，但其他研究显示，BCAA补充通过激活mTOR/AKT通路显著促进了肿瘤生长，这与我们的结果一致，即BCAAs在HCC中上调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。