milademetan、selinexor及两者联合处理AML细胞的RNA测序

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A8ca3e4cadbce5aa555041fdbbcfa90b4c8a575a1267068f49dbb913a03660d58

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤抑制因子TP53在癌症中常以不依赖突变的方式失活，并通过抑制其负调控因子而被重新激活。我们在此将MDM2与核输出蛋白XPO1共同作为靶点，以最大化p53的转录活性。抑制MDM2/XPO1可导致核内p53积累，并使其转录靶标增加25至60倍。TP53调控MYC，而抑制MDM2/XPO1破坏了c-MYC调控的转录组，从而在急性髓系白血病（AML）中协同诱导凋亡。令人惊讶的是，维奈托克耐药的AML高表达c-MYC，并在体内对MDM2/XPO1抑制敏感。然而，在MDM2/XPO1抑制后持续存在的AML细胞表现出与静息和应激反应相关的表型。单细胞质谱流式细胞术显示，维奈托克可克服这种耐药性。MDM2、XPO1和BCL2的三重抑制在体内对维奈托克耐药的AML高度有效。我们的结果提出了一种新颖的高…，AML细胞系OCI-AML3、MOLM-13 TP53野生型和MOLM-13 TP53 p.R248Q细胞用milademetan、selinexor以及milademetan与selinexor联合处理12小时。

从这些细胞中收集RNA样本并进行RNA测序。RNA测序：OCI-AML3、MOLM-13 TP53野生型和R248Q突变细胞分别用DMSO、milademetan、selinexor或Mil+Sel联合处理12小时。收集细胞，并根据制造商说明，使用QIAGEN RNeasy提取试剂盒从每个样本中提取总RNA（每种处理N=3，总共N=12）。使用TruSeq Stranded Total RNA Sample Preparation Kit（Illumina，San Diego，CA）制备带条形码、兼容Illumina、链特异性总RNA文库。简言之，将1mg经DNase I处理的总RNA使用Ribo-Zero Gold（Illumina）去除细胞质和线粒体核糖体RNA（rRNA）。纯化后，使用二价阳离子将RNA片段化，

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。