PRJNA420386:T-PLL分子基础为TCL1/ATM及表观遗传指导的损伤反应的可操作扰动(小鼠SNP阵列)

该数据集来自NCBI BioProject(ID 420386),主题为T-PLL的分子基础,涉及TCL1/ATM及表观遗传指导的损伤反应的可操作扰动,数据类型为小鼠SNP阵列,属于肿瘤/白血病范畴

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基因组Variation
PRJNA420386: The molecular basis of T-PLL is an actionable perturbation of TCL1/ATM- and epigenetically instructed damage responses [murine SNP array]

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA420386:T-PLL分子基础为TCL1/ATM及表观遗传指导的损伤反应的可操作扰动(小鼠SNP阵列)

PRJNA420386 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物研究项目记录,项目全称为“The molecular basis of T-PLL is an actionable perturbation of TCL1/ATM- and epigenetically instructed damage responses [murine SNP array]”。该数据集围绕 T-PLL(T 细胞幼淋巴细胞白血病)的分子基础展开,研究内容涉及 TCL1/ATM 以及表观遗传指导的损伤反应的可操作扰动,所产生的数据属于小鼠 SNP 阵列类型。按照本站分类,该数据集归入肿瘤/白血病范畴,主题标签为 Variation。BioProject 记录的作用在于将同一项研究计划下产生的多种数据类型集中关联到单一入口,便于用户查找和获取该项目相关的数据资源。

【数据集背景】

T-PLL 是一种涉及 T 细胞的血液系统恶性肿瘤。该数据集所对应的研究项目聚焦于 T-PLL 的分子基础,其标题表明研究关注 TCL1/ATM 相关通路以及表观遗传指导的损伤反应,并将这些机制视为可操作的扰动对象。项目名称中标注的“murine SNP array”说明该数据集包含的是在小鼠体系中产生的 SNP 阵列数据。该记录来源于 NCBI BioProject,项目编号为 420386。

【数据内容】

该数据集的数据类型为小鼠 SNP 阵列(murine SNP array),主题标签为 Variation,即与变异相关的数据。项目标题所指向的研究内容包括 TCL1/ATM 以及表观遗传指导的损伤反应的可操作扰动。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、阵列平台型号、具体基因位点、变异位点列表或数据文件规模的进一步说明。

【采集与来源】

该数据集来自 NCBI BioProject 数据库,源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目 ID 为 420386。BioProject 是围绕单一研究计划、由单一机构或联合体发起的一组生物学数据的集合,其记录为用户提供查找该项目所产生各类数据的统一入口。关于样本采集的具体地点、时间、小鼠品系、实验处理条件及伦理审批信息,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集可适用于与 T-PLL 分子机制相关的研究场景,尤其是涉及 TCL1/ATM 通路及表观遗传指导的损伤反应的变异分析;也可用于小鼠 SNP 阵列数据的变异相关研究。由于数据类型为 SNP 阵列且主题标签为 Variation,其潜在用途包括变异检测与关联分析等通用方向。具体到该数据集可支持哪些分析类型、是否适合作为对照或验证数据,源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过 NCBI BioProject 记录(ID 420386)提供访问入口,用户可在该记录中查找与项目关联的数据类型及下载链接。关于数据文件的具体格式、预处理步骤、分析流程、参考基因组版本及配套软件要求,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 项目记录所关联的小鼠 SNP 阵列数据,其质量评估指标、数据完整性说明、批次信息及质控结果,源站未提供。使用时应注意到,项目标题所描述的研究对象为 T-PLL 的分子基础,但数据产生于小鼠体系,向人类临床或人群数据的直接外推需谨慎。关于样本量、统计功效及潜在混杂因素,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、项目负责人、发表文献及数据使用许可条款,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据前,应查阅 NCBI BioProject 记录(ID 420386)及相关数据页面以获取授权与引用要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA420386

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

T细胞幼淋巴细胞白血病(T-PLL)是一种罕见且预后不良的成熟T细胞恶性肿瘤。为完善其尚不完整的分子概念,我们整合了111例特征明确患者的基因表达改变、等位基因拷贝数(CN)及核苷酸序列的大规模图谱数据。除显著的T细胞活化特征和常见的克隆性变异外,我们还发现了拷贝数变异性、融合分子、替代转录本及进展相关动态的新热点。T-PLL的整体病变谱主要定位于DNA损伤应答、T细胞受体/细胞因子信号传导及组蛋白调控轴。我们构建了一个以TCL1过表达与损伤性ATM异常独特组合作为起始核心病变的T-PLL多维度发病模型。TCL1所施加的效应与受损的ATM协同作用,促成DNA损伤处理受损的白血病表型。功能失调的ATM似乎无法有效缓解升高的氧化还原负荷和端粒磨损,也难以引发针对基因毒性损伤的p53依赖性凋亡反应。

作为非基因毒性策略,p53再激活剂与脱乙酰酶抑制剂的协同组合可恢复此类细胞死亡执行。总体设计:小鼠T细胞白血病。样本制备:我们将DNA样本(QIAamp DNA试剂盒,Qiagen)杂交到Affymetrix MOUSEDIVm520650芯片上。我们将4个对照(DNA分离自年龄和背景匹配的野生型小鼠的正常肝组织)与来自患有T细胞白血病/淋巴瘤的Lckpr-hTCL1A+/-小鼠的3个“慢性期”和5个“指数期”(定义特征见4.2)脾分离物进行了比较。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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