RCC-AID：TCGA肾细胞癌集合的DICOM转换肾脏、肿块与囊肿标注

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.22284134

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 25.8 KB。

数据说明

本数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台（IDC）提供的一系列图像和/或图像衍生数据。该数据集已由IDC团队转换为DICOM格式并录入。您可以使用IDC门户网站浏览和可视化相应的图像。您可以利用本Zenodo记录中包含的清单文件，按照下方下载说明下载该数据集。本数据集为NCI影像数据共享平台（IDC）提供的TCGA-KIRC、TCGA-KIRP和TCGA-KICH集合贡献了经DICOM转换的肾脏及肾脏肿块和囊肿的体素级标注[1]。这些标注来自RCC-AID数据集[2,3]，最初以NIfTI格式发布于https://doi.org/10.5281/zenodo.20719257 。它们涵盖来自91名患者的129次CT扫描：85例透明细胞癌、26例乳头状癌和18例嫌色细胞肾细胞癌病例，取自最初通过癌症影像档案（TCIA）发布的三个TCGA集合[4,5,6]。

将这些标注从NIfTI转换为DICOM格式，使用户能够在基于DICOM的公共查看器中同时可视化CT图像及其相应的肾脏、肿块和囊肿标注。DICOM分割格式携带额外的元数据，使用标准的SNOMED-CT术语描述每个分割结构，并引用每个标注所适用的具体源图像实例。转换后的对象可以存储在任何支持它们的DICOM服务器中（包括Google Healthcare DICOM存储），并使用现成的工具如OHIF Viewer进行可视化。每个带有标注的扫描由一个使用LABELMAP分割类型的单一DICOM分割对象表示，最多包含三个分段：分段 分割属性类别 分割属性类型 解剖区域 肾脏 解剖结构（SCT 91723000） 肾脏（SCT 64033007） – 肿块 形态异常结构（SCT 49755003） 肿块（SCT 4147007） 肾脏（SCT 64033007） 囊肿 形态

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。