基本信息

模态

蛋白质

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-12

资源简介

人颅底脊索瘤 LC-MSMS 数据集

Human skull base chordoma LC-MSMS 是一个面向肿瘤研究领域的公开蛋白质组学数据集，其英文名称直接指向研究对象与核心技术：人类颅底脊索瘤（skull base chordoma）样本，采用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）方法进行检测。该数据集收录于国际知名的蛋白质组学数据平台，归类于肿瘤 / 脊索瘤方向，主题标签涵盖肿瘤、脊索瘤、颅底、LC-MSMS 与蛋白质组学。作为一项公开数据集，它为研究者了解颅底脊索瘤在蛋白质层面的表达特征提供了可检索、可引用的数据资源，适用于肿瘤生物学、颅底外科相关基础研究以及蛋白质组学方法学探索等多种场景。

【数据集背景】

脊索瘤是一种起源于脊索残余组织的罕见肿瘤，颅底是其常见发生部位之一。由于解剖位置深在、毗邻重要神经与血管结构，颅底脊索瘤的临床诊治具有较高挑战性。在分子层面系统刻画该类肿瘤的蛋白质表达谱，有助于理解其生物学行为并寻找潜在的标志物或干预靶点。该数据集正是在这一研究背景下产生，以人类颅底脊索瘤为研究对象，借助 LC-MS/MS 技术开展蛋白质组学层面的数据采集，属于肿瘤蛋白质组学方向的数据资源。数据集来源站为 ebi.ac.uk，源站描述中标注了作者 Yutao Shen 及数据集标题 “Human skull base chordoma LC-MSMS”。

【数据内容】

该数据集的主题标签包括肿瘤、脊索瘤、颅底、LC-MSMS、蛋白质组学，表明其内容围绕颅底脊索瘤的质谱蛋白质组学数据展开。数据集在分类上归属于肿瘤 / 脊索瘤，属于肿瘤领域的公开数据集。关于样本数量、蛋白鉴定数目、肽段数量、定量结果、分组设计等具体内容，源站未提供。因此，本数据集在内容层面的可确认信息主要为其研究主题与技术类型，即针对人类颅底脊索瘤的 LC-MS/MS 蛋白质组学数据。

【采集与来源】

数据集来源于 ebi.ac.uk，源站描述为：Yutao Shen, Human skull base chordoma LC-MSMS [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD025894。由此可知，该数据集由 Yutao Shen 提交或署名，并通过上述网址对外公开。数据采集所依托的具体仪器型号、色谱条件、质谱参数、样本处理流程、实验批次等信息，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与技术特征，该数据集可应用于肿瘤学特别是脊索瘤相关的基础研究，例如蛋白质表达谱的观察与比较、候选分子标志物的初步筛选、颅底脊索瘤与其他肿瘤或正常组织在蛋白质层面的差异探索等。同时，作为 LC-MS/MS 蛋白质组学数据，它也可用于蛋白质组学数据处理流程的练习与方法学参考。需要说明的是，上述适用方向系依据数据集的领域与技术类型所作的通用性说明，数据集本身是否支持特定分析目标，需结合源站提供的原始数据与元数据判断；源站未提供关于具体适用场景的明确说明。

【使用方法】

该数据集通过 ebi.ac.uk 上的项目页面公开访问，网址为 https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD025894。使用者可依据该页面获取数据集相关信息与数据文件。关于数据下载格式、文件组织方式、推荐分析软件、检索参数设置等具体使用指引，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为公开数据集，来源站为 ebi.ac.uk，具备可引用性与可追溯性。其主题标签明确指向肿瘤、脊索瘤、颅底、LC-MSMS 与蛋白质组学，分类归属为肿瘤 / 脊索瘤。关于数据质量评估指标、缺失值情况、重复性、覆盖度、样本量是否充分等质量相关信息，以及数据在代表性、适用范围等方面的限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的引用信息为：Yutao Shen, Human skull base chordoma LC-MSMS [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD025894。关于该数据集的具体许可条款、使用限制与再分发条件，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时，应以上述来源页面所载信息为准。

原始链接

https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD025894

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD025894

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Yutao Shen, Human skull base chordoma LC-MSMS [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD025894

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别