PRJNA771651:缺氧人成体真皮成纤维细胞条件培养基对宫颈癌细胞的增强抗癌效果 [数据集 1]

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 771651),标题为缺氧人成体真皮成纤维细胞条件培养基对宫颈癌细胞的增强抗癌效果

sra
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蛋白质分类Proteome
PRJNA771651: Enhanced anti-cancer effects of conditioned medium from hypoxic human adult dermal fibroblasts on cervical cancer cells [dataset 1]

基本信息

模态
蛋白质
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA771651:缺氧人成体真皮成纤维细胞条件培养基对宫颈癌细胞的增强抗癌效果 [数据集 1]

该数据集为 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录,编号为 PRJNA771651,英文全称为“Enhanced anti-cancer effects of conditioned medium from hypoxic human adult dermal fibroblasts on cervical cancer cells [dataset 1]”。从标题可以看出,该数据集围绕缺氧条件下人成体真皮成纤维细胞条件培养基对宫颈癌细胞抗癌效果的增强作用展开。本站将其归类于肿瘤 / 宫颈癌方向,主题标签为 Proteome,表明该数据集涉及蛋白质组层面的研究内容。作为 BioProject 记录,它汇集了与这一研究计划相关的多种生物数据类型,为用户提供统一的检索入口,便于获取该项目所产生的数据资源。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject,项目编号为 771651。BioProject 是 NCBI 提供的一项资源,用于汇集与某一项研究计划相关的生物数据。根据源站描述,一个 BioProject 通常源自单一机构或联盟,其记录为用户提供一个统一的位置,以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的研究主题聚焦于缺氧人成体真皮成纤维细胞条件培养基对宫颈癌细胞的抗癌效果,属于肿瘤学与宫颈癌研究领域,并带有 Proteome 主题标签,说明蛋白质组数据是该研究计划的重要组成部分。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Proteome,表明其内容涉及蛋白质组相关数据。数据集标题明确指向缺氧条件下人成体真皮成纤维细胞条件培养基对宫颈癌细胞抗癌效果的增强作用,因此其数据内容应与该实验研究相关。作为 BioProject 记录,它汇集了与这一研究计划相关的多种生物数据类型。关于具体的数据文件类型、样本数量、蛋白质鉴定数量、差异表达蛋白列表等详细内容,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 数据库中的一项记录,项目编号为 771651。根据源站描述,BioProject 记录源自单一机构或联盟,用于汇集与单一研究计划相关的生物数据。该数据集的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、实验条件等详细信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤学、宫颈癌研究以及蛋白质组学相关领域。由于标题涉及缺氧人成体真皮成纤维细胞条件培养基对宫颈癌细胞抗癌效果的增强作用,该数据集可能适用于研究肿瘤微环境、缺氧条件对细胞行为的影响、条件培养基的抗癌机制以及蛋白质组变化等方向。此外,作为 BioProject 记录,它也可用于数据检索、数据整合以及跨数据集比较等场景。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发或特定实验方案,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库进行访问,项目编号为 771651。用户可以在 NCBI 网站上检索该编号,获取与该研究计划相关的多种数据类型链接。BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,以便查找该项目所产生的数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、使用协议等详细信息,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集作为 NCBI BioProject 记录,其数据来源于单一研究计划,具体的数据质量、完整性、准确性等信息,源站未提供。由于源站描述仅对 BioProject 的一般性质进行说明,未涉及该数据集的具体质量控制措施、数据验证方法或潜在偏差。用户在使用时应参考原始项目提供的详细说明。关于该数据集的限制条件、适用范围以及可能存在的技术问题,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议、使用条款等信息,源站未提供。用户在使用该数据集时,应参考 NCBI BioProject 数据库的相关政策以及原始项目提交者提供的引用要求。关于该数据集是否允许商业使用、是否需要署名、是否涉及伦理审查等具体许可信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA771651

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

缺氧通过改变细胞内信号传导和分泌因子来调节成纤维细胞功能,从而影响邻近细胞的状态。在本研究中,我们探究了在常氧和缺氧条件下培养的人成体真皮成纤维细胞(HDFs)条件培养基(CM)对宫颈癌(HeLa)细胞的影响。与常氧培养HDFs的条件培养基(N-CM)相比,缺氧培养HDFs的条件培养基(H-CM)使HeLa细胞活力下降、凋亡增加并发生细胞周期阻滞。在H-CM相较于N-CM上调(> 2倍)的蛋白质中,LTBR降低了HeLa细胞的活力。在H-CM处理的HeLa细胞相较于N-CM处理下调(> 2倍)的细胞内蛋白质中,富集程度最高的生物学过程GO条目和KEGG通路分别为蛋白质去泛素化和hsa05166:HTLV-I感染。在表达改变(> 2倍)的细胞内蛋白质的蛋白质-蛋白质相互作用网络中,确定了1个上调(TNF)和8个下调(ESR1、MCL1、TBP、CD19、LCK、PCNA、CHEK1和POLA1)枢纽蛋白。

在下调的核心蛋白中,最富集的生物学过程GO术语和KEGG通路分别是前导链延伸和hsa05166:HTLV-I感染。本研究表明,与N-CM相比,H-CM对宫颈癌细胞具有增强的抗癌效果,并且诱导了与这些增强抗癌效果相关的细胞内信号模式。总体设计:人成体真皮成纤维细胞(HDFs)分别在21% O2(常氧条件)和1% O2(缺氧条件)下培养。收集常氧HDFs的条件培养基(N-CM)和缺氧HDFs的条件培养基(H-CM),并使用RayBiotech Human L1000 Array检测H-CM相较于N-CM中上调与下调(> 2倍)的蛋白质。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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