PXD001068：癌基因诱导衰老起始与维持中的磷酸化蛋白质组动态，蛋白质组数据集

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD001068

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

BRAFV600E癌蛋白的表达已知会导致良性病变，例如黑色素细胞痣（痣）。尽管突变BRAF具有致癌功能，但这些病变被一种称为癌基因诱导衰老（OIS）的细胞自主机制所阻止。少数情况下，痣可以通过尚未完全理解的机制进展为恶性黑色素瘤。为了更深入地了解这一重要的肿瘤抑制机制，我们对处于细胞周期中的细胞、衰老细胞以及已废除衰老的细胞进行了基于质谱的蛋白质组和磷酸化蛋白质组筛选。衰老细胞的蛋白质组分析揭示了已知衰老生物标志物的上调，包括特定细胞因子，但也包括一些先前与衰老无关的蛋白质，包括细胞外基质相互作用蛋白。利用Ti4±IMAC的一般和靶向磷酸肽富集以及磷酸酪氨酸抗体富集，我们鉴定了超过15，000个磷酸化位点。在受调控的磷酸化位点中，我们遇到了白细胞介素、BRAF/MAPK和CDK-视网膜母细胞瘤（Rb）通路的组件以及其他几个因子。

表达BRAFV600E的衰老细胞的广泛蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据集，为OIS如何启动、维持或被逃逸提供了分子线索，并作为功能验证的全面蛋白质组学基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。