宫颈癌RNA修饰组学测序数据
该数据集包含针对宫颈癌的RNA修饰组学测序数据，数据模态为基因测序数据，通过TRIzol分离RNA、抗m6A抗体免疫沉淀和Novaseq平台测序获得，主要用于研究RNA修饰（如m6A甲基化）在宫颈癌发生发展中的分子机制，为疾病诊断和治疗提供潜在生物标志物。
基本信息
资源简介
宫颈癌RNA修饰组学测序数据
【数据集背景】
源站首次发布：2022-11-04。
【数据内容】
源站原始描述：通过TRIzol（Invitrogen）试剂分离RNA，并用Dynabeads mRNA纯化试剂盒（Invitrogen）提取mRNA，mRNA 在IPP 缓冲液（150 mM NaCl、0.1%NP-40和10 mM Tris-HCl[pH7.4]）与用12 μg 抗m6A多克隆抗体（Synaptic Systems，202003）进行孵育，并在4°C下处理2小时进行打断。然后通过在4℃下与50μl Protein-A 微珠（Sigma，P9424）孵育2小时，之后用0.5 mg/ml N6甲基腺苷（BERRY&ASSOCIATES，PR3732）洗脱三次后用Trizol萃取。将剩余的RNA重新悬浮在上清中，并用TruSeq进行文库生成™ RNA样品制备试剂盒v2（Illumina，San Diego，CA，USA）。在配对读取模式下使用Novaseq对文库进行测序，产生长度为150bp的读取。
【主题与分类】
主题标签：宫颈鳞癌、m6A、RNA甲基化、cervical carcinoma、m6A、RNA methylation、人、子宫、肿瘤、转录组。
【获取与许可】
源站页面：http://data.iscr.ac.cn/Article?id=63636340907ddd0adee99ecd
规范引用：35786.11.58e9194e1a154c8baa824148bd2c6b47
下载信息
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数据集获取
源站：http://data.iscr.ac.cn/Article?id=63636340907ddd0adee99ecd
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集是针对宫颈癌的RNA修饰组学测序数据，通过TRIzol试剂分离RNA，并使用Dynabeads mRNA纯化试剂盒提取mRNA。随后，mRNA在IPP缓冲液中与抗m6A多克隆抗体孵育，并通过Protein-A微珠进行免疫沉淀，洗脱后利用TruSeq RNA样品制备试剂盒v2构建文库。测序在Novaseq平台上以配对读取模式进行，产生150bp长度的读取。该数据集来源于中国科学院北京基因组研究所，主要应用于宫颈癌的分子机制研究，特别是RNA修饰（如m6A甲基化）在疾病发生发展中的作用分析。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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