CUPiD：基于cfDNA甲基化的原发灶不明癌组织来源分类器 - 分类器数据与代码
该数据集包含基于循环游离DNA甲基化测序的基因表观遗传数据以及配套分析代码，主要用于构建和验证CUPiD分类器，以预测原发灶不明癌的组织来源，为癌症精准诊断提供生物信息学工具。数据涵盖143例已知癌症患者和106例对照的甲基化谱，以R数据文件和脚本形式提供，支持从原始测序数据到机器学习模型训练的全流程分析。
基本信息
资源简介
CUPiD：基于cfDNA甲基化的原发灶不明癌组织来源分类器 - 分类器数据与代码
【数据集背景】
本数据集源站标题为《CUPiD, A cfDNA methylation-based tissue-of-origin classifier for Cancers of Unknown Primary - classifier data and code》。源站首次发布：2024-02-19。
【数据内容】
源站原始描述：This repository holds code behind the article "A cfDNA methylation-based tissue-of-origin classifier for Cancers of Unknown Primary" by Conway, Pearce, Clipson et al, published in Nature Communications . This contains the code and data required to generate the CUPiD classifier itself. Data and code to reproduce the figures in the paper are available from (unrestricted). Methyl-Binding Domain protein sequencing (MBD-Seq) was applied to circulating cell-free DNA (cfDNA) samples derived from patien…
【数据结构与技术规格】
数据集 DOI：10.5281/zenodo.10678015。
【主题与分类】
主题标签：DNA methylation、MBD-Seq、CUP。
【获取与许可】
源站页面：https://zenodo.org/records/10678015
使用许可：cc-by-nc-4.0。
规范引用：Nature Communications
【使用注意】
· 源站最后修改于 2024-04-22，引用时请注意版本时效。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取（Zenodo 公开直链）
源站：https://zenodo.org/records/10678015
（注册/登录后按页面指引下载）
数据说明
该数据集是《自然·通讯》上发表的论文《A cfDNA methylation-based tissue-of-origin classifier for Cancers of Unknown Primary》的支撑代码和数据资源，用于构建CUPiD分类器。数据集包含通过甲基化结合域蛋白测序（MBD-Seq）获取的循环游离DNA（cfDNA）样本的甲基化数据，涵盖143例已知癌症类型患者和106例非癌症对照（其中79例用于训练）。数据以R数据文件（qseaSets）形式提供，包含全基因组300碱基对窗口的读段计数、拷贝数变异信息和元数据表。此外，数据集提供了一套完整的分析脚本，涵盖数据下载、预处理、差异甲基化区域计算、机器学习模型训练与评估等流程，支持在PBS-Torque系统上运行。该资源主要用于开发和应用基于cfDNA甲基化的原发灶不明癌组织来源分类器，为癌症精准诊断提供工具。
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