PRJNA1535469:聚合酶 Theta 与 RAD51 层级协调解决聚集性复制叉崩塌

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1535469),主题为聚合酶 Theta 与 RAD51 的层级协调如何解决聚集性复制叉崩塌,属于肿瘤/癌症总论方向

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基因组Raw sequence reads
PRJNA1535469: Hierarchical Coordination of Polymerase Theta and RAD51 Resolves Clustered Replication Fork Collapse

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1535469:聚合酶 Theta 与 RAD51 层级协调解决聚集性复制叉崩塌

该数据集为 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录,编号为 1535469,英文名称为“Hierarchical Coordination of Polymerase Theta and RAD51 Resolves Clustered Replication Fork Collapse”。从名称可以看出,该项目聚焦于聚合酶 Theta 与 RAD51 两种因子在层级协调作用下,如何解决聚集性复制叉崩塌这一生物学过程。在肿瘤与癌症总论的分类框架下,该主题与基因组稳定性维持、复制压力应答以及肿瘤发生发展中的 DNA 修复机制密切相关。项目记录本身是 NCBI BioProject 体系中的一条条目,旨在为用户提供访问该项目所产生各类生物数据的统一入口,其主题标签为“Raw sequence reads”,表明该项目涉及原始序列读长数据。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种生物数据组织方式,用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物学数据。该计划通常来自单一机构或联合体。每条 BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,以便查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集对应的项目编号为 1535469,其研究主题围绕聚合酶 Theta 与 RAD51 的层级协调机制,以及该机制在解决聚集性复制叉崩塌过程中的作用。复制叉崩塌是 DNA 复制过程中可能出现的严重事件,与基因组不稳定性相关,而基因组不稳定性又是肿瘤与癌症研究中的核心议题之一。因此,该项目在肿瘤/癌症总论分类下具有基础研究层面的意义。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,说明其数据内容以原始序列读长为主。原始序列读长通常来自高通量测序平台,是后续比对、组装、变异检测和定量分析的基础数据形式。项目名称中提及的聚合酶 Theta 与 RAD51 以及聚集性复制叉崩塌,提示这些原始序列读长可能用于研究上述因子在复制叉稳定性中的功能。然而,除“Raw sequence reads”这一主题标签外,关于具体样本数量、测序平台、读长长度、数据量大小、文件格式等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI 的 BioProject 数据库。项目记录编号为 1535469,源站标题为“ID 1535469 - BioProject - NCBI”。BioProject 记录本身并不直接描述样本采集地点、采集时间、实验条件或伦理审批信息,这些内容通常由关联的子项目或实验记录承载。就本数据集而言,关于样本来源、采集方式、实验设计等具体采集信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其分类为肿瘤/癌症(总论)以及主题涉及聚合酶 Theta、RAD51 与复制叉崩塌,该数据集可能适用于 DNA 复制、DNA 修复、基因组稳定性以及肿瘤发生机制相关的基础研究场景。原始序列读长可用于重新分析、方法验证或与其他数据集整合。此外,由于 BioProject 记录提供统一入口以查找多种数据类型,该数据集也可作为相关研究项目的数据导航起点。但具体适用场景需结合项目关联的原始文献或实验描述加以判断,源站未提供更详细的适用建议。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问编号为 1535469 的记录,并经由该记录查找与项目关联的各类数据。由于主题标签为“Raw sequence reads”,使用者可能需要下载原始序列读长文件,并利用常规测序数据分析流程进行质控、比对和下游分析。BioProject 的设计目的正是为用户提供一个单一位置来发现该项目产生的多样数据类型,因此建议用户从该记录出发,跳转至关联的 SRA、Assembly 或其他 NCBI 资源。关于具体的下载方式、数据格式转换或分析工具选择,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject,属于公共生物数据资源。BioProject 记录本身是元数据条目,其质量取决于提交方提供的信息完整性与准确性。本记录的主题标签为“Raw sequence reads”,但关于数据质量评分、测序深度、覆盖度、重复性、对照设置等具体质量指标,源站未提供。此外,该记录未提供样本层面的详细注释,因此在使用时需注意数据解释的边界。任何关于数据质量的具体结论均需依据关联的原始数据和分析报告,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI 资源。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或数据共享政策,源站未提供。用户在使用时应遵循 NCBI 及相关数据提交方的一般性使用规范,并查阅项目记录页面以获取可能的引用要求。由于源站未提供具体许可信息,无法在此给出明确的许可声明或引用格式。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1535469

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Whole genome sequencing of polymerase theta wild-type and mutant cell lines with or without Mitomycin C treatment.

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