三阴性乳腺癌全基因组测序:一项群体研究

254例三阴性乳腺癌的全基因组测序、体细胞突变及拷贝数数据,附带临床治疗与结局信息,来源于瑞典SCAN-B群体研究。

Mendeley Data
2020-05-06 更新
浏览 20
基因组三阴性乳腺癌全基因组测序
Whole-genome-sequencing of triple negative breast cancers: a population study

基本信息

模态
基因组
大小
1.262592801 GB
创建/更新时间
2020-05-06
版本
v3

资源简介

三阴性乳腺癌全基因组测序:一项群体研究

【一句话概览】

本数据集是 Mendeley Data 公开的组学数据集,收录 10 个文件、合计 1.26 GB,可用于生物标志物发现与分子分型研究。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Whole-genome-sequencing of triple negative breast cancers: a population study》。源站首次发布:2020-05-06。

【数据内容】

源站原始描述:Exploring the value of WGS in clinical setting, we sequenced 254 triple negative breast cancers (TNBC) with associated treatment and outcome data collected between 2010-2015 via the population-based Sweden Cancerome Analysis Network-Breast (SCAN-B) (ClinicalTrials.gov ID:NCT02306096) project. Somatic mutations (point mutations, small insertions and deletions, chromosomal rearrangements), as well as copy number profiles from whole genome sequences of triple negative breast cancers. Data for 237 s…

【数据结构与技术规格】

文件数 10 个,合计 1.26 GB。数据集 DOI:10.17632/2mn4ctdpxp.3。

【适用方向】

组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。

【获取与许可】

源站页面:https://data.mendeley.com/datasets/2mn4ctdpxp

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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