IWSC项目光谱流式细胞术验证队列数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.18509854

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 10.24 GB。

数据说明

验证性光谱流式细胞术队列由参加DAPHNe试验（NCT03716180）和MARGOT试验（NCT04425018）的治疗前早期ER+/HER2-乳腺癌患者组成。光谱流式细胞术的详细实验和分析步骤已在既往发表文献中描述40。简言之，将冷冻保存的新鲜采集PBMC解冻，用荧光染料标记的T细胞和B细胞抗体染色，并进行流式细胞术检测。数据使用Cytek Aurora SpectroFlo软件（v2.2）进行预处理以完成解混，并使用OMIQ（app.omiq.ai）进行质量控制、过滤和设门。导出每个样本及各设门细胞群体的平均荧光强度（MFI）数据。对于CD4 T细胞（CD45+/CD3+/CD8−/CD4+）的分析，我们选择初始CD4 T细胞（CD45RA+/CD197+）、中央记忆CD4 T细胞（CD45RA−/CD197+）、效应CD4 T细胞（CD45RA−/CD197−）和调节性T细胞（CD25+/CD127−），采用Mann-Whitney U检验比较NHB与NHW患者在HLA-DR、CD279（PD-1）、CD152（CTLA-4）、CD366（TIM-3）和CD223（LAG-3）标志物上的MFI。

为分析B细胞（CD45+/CD19+），我们选取了初始B细胞（CD20+/CD27−/IgD+）、成熟B细胞（CD20+）、未类别转换记忆B细胞（CD20+/CD27+/IgD+）、类别转换记忆B细胞（CD20+/CD27+/IgD−）及浆母细胞（CD27+/CD38+），采用Mann-Whitney U检验比较NHB与NHW患者在HLA-DR、CD197（CCR7）和CD185（CXCR5）标志物上的MFI。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。