人乳腺癌MCF-7细胞NETs暴露及DNase I干预RNA-seq数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.57760/sciencedb.016ti

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含人乳腺癌MCF-7细胞暴露于中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）及随后经DNase I处理后的RNA-seq转录组数据。体外实验：采用人乳腺癌细胞系MCF-7建立体外模型。将细胞以每皿1 × 10⁶个的密度接种于100 mm培养皿中，分为三组：未处理对照组（Control）、NETs处理组（NETs，800 ng/mL）以及NETs联合DNase I处理组（DNaseI，DNase I 20 μg/mL）。每组设两个生物学重复，共获得六个细胞样本。处理24 h后，离心收集细胞并提取总RNA。随后构建RNA-seq文库，并在Illumina平台上进行双端测序。

原始测序数据经过质量控制、reads比对和定量，生成基因表达矩阵。基因表达定量矩阵：该文件包含一个基因表达定量矩阵，具有以下列注释：gene_id（第一列）：标识每一行所代表的基因。Control_1、Control_2：未处理对照组的两份生物学重复。NETs_1、NETs_2：NETs处理组（800 ng/mL）的两份生物学重复。DNaseI_1、DNaseI_2：NETs加DNase I处理组（DNase I浓度为20 μg/mL）的两份生物学重复。数值表示基因表达水平，以每百万比对reads中每千碱基转录本的片段数（FPKM）进行定量。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。