TNBC 新辅助化疗后有残留病灶患者的 lncRNA 测序原始 read count 数据

资源简介

TNBC 新辅助化疗后有残留病灶患者的 lncRNA 测序原始 read count 数据

Raw read count lncRNA sequencing TNBC 是一个面向肿瘤与乳腺癌研究领域的公开数据集，其核心内容为三阴性乳腺癌（TNBC）患者在接受新辅助化疗后仍存在残留病灶情况下的 lncRNA 测序原始 read count 数据。该数据集由 van den Ende, Nadine 与 Smid, Marcel 共同贡献，存放于 Zenodo 平台，来源站为 doi.org，发布时间为 2026 年，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可协议开放获取。数据集聚焦于新辅助化疗后残留病灶这一特定临床情境，为研究者提供了 lncRNA 表达层面的原始计数信息，有助于从非编码 RNA 角度探索三阴性乳腺癌的耐药机制、残留病灶生物学特征以及潜在生物标志物。整体而言，该数据集属于肿瘤/乳腺癌分类下的测序原始计数资源，主题标签涵盖肿瘤、乳腺癌、TNBC、lncRNA 测序、原始 read count、新辅助化疗与残留病灶。

【数据集背景】

三阴性乳腺癌（TNBC）因缺乏雌激素受体、孕激素受体及人表皮生长因子受体2的表达，治疗选择相对有限，新辅助化疗是常用的治疗策略之一。然而，部分患者在新辅助化疗后仍存在残留病灶，其预后往往较差，残留病灶的分子特征成为研究关注的重点。长链非编码 RNA（lncRNA）在基因表达调控、肿瘤发生发展及治疗反应中可能发挥重要作用。该数据集正是在这一背景下产生，旨在提供三阴性乳腺癌患者新辅助化疗后残留病灶的 lncRNA 测序原始 read count，为相关研究提供基础数据支持。源站描述明确指出其内容为“Raw read counts of lncRNA sequencing results of triple negative breast cancer patients with residual disease post neoadjuvant chemotherapy”。

【数据内容】

该数据集的核心内容是 lncRNA 测序结果的原始 read count。所谓原始 read count，通常指测序 reads 比对到各 lncRNA 后统计得到的计数矩阵，是后续差异表达分析、归一化处理及功能挖掘的起点。数据集针对的是三阴性乳腺癌患者，且这些患者在新辅助化疗后存在残留病灶。主题标签进一步明确了其覆盖范围：肿瘤、乳腺癌、TNBC、lncRNA 测序、原始 read count、新辅助化疗、残留病灶。除上述信息外，关于样本数量、lncRNA 具体数量、测序平台、read 长度、文件格式等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 doi.org，存放机构为 Zenodo。作者为 van den Ende, Nadine 与 Smid, Marcel。发布时间为 2026 年。源站描述表明数据为三阴性乳腺癌患者新辅助化疗后残留病灶的 lncRNA 测序原始 read count。关于样本采集地点、患者招募标准、伦理审批信息、测序实验流程、数据处理步骤等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤学与乳腺癌研究领域，尤其是三阴性乳腺癌相关的基础与转化研究。具体而言，可用于分析新辅助化疗后残留病灶中 lncRNA 的表达模式，探索与化疗耐药、残留病灶维持或复发风险相关的 lncRNA 候选分子；也可作为方法学研究中原始 count 数据处理流程的测试数据，例如归一化、差异表达分析、聚类分析等。此外，该数据集可与其他公共乳腺癌数据集进行整合分析，但需注意平台与样本背景的差异。由于数据为原始 read count，使用者可根据研究目的自行选择适当的分析策略。

【使用方法】

使用该数据集时，通常需要先获取原始 read count 矩阵，然后根据分析目标进行预处理。常见步骤包括：过滤低表达 lncRNA、进行归一化以消除测序深度与样本间差异、开展差异表达分析、功能富集分析或构建共表达网络等。由于是原始计数数据，建议使用适合计数数据的统计方法，如基于负二项分布的模型。若需与其他数据集合并，应注意批次效应与样本来源差异。关于文件的具体格式、下载方式、是否附带注释文件或元数据表，源站未提供，使用者需依据 Zenodo 页面实际内容进行操作。

【质量与限制】

该数据集为原始 read count，未经过归一化或差异表达分析，因此保留了测序计数的最原始信息，便于使用者按自身需求处理。其来源为 Zenodo，采用开放许可，具备可获取性与可复用性。然而，关于样本量、测序深度、覆盖度、是否包含生物学重复、是否存在批次效应、数据完整性及缺失值情况等质量相关指标，源站未提供。此外，数据集仅针对新辅助化疗后有残留病灶的三阴性乳腺癌患者，结论外推至其他亚型、其他治疗阶段或无残留病灶患者时需谨慎。使用者应结合自身研究问题评估适用性。

【引用与许可】

该数据集采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可协议，允许在署名原作者的前提下共享、改编与商业使用。引用时建议注明作者 van den Ende, Nadine 与 Smid, Marcel，数据集名称 Raw read count lncRNA sequencing TNBC，来源站 doi.org，存放机构 Zenodo，发布时间 2026。关于具体的引用格式、DOI 编号或推荐引用文本，源站未提供，建议访问 Zenodo 页面获取准确引用信息。