三阴性乳腺癌免疫分析lncRNA测序原始读数计数

资源简介

三阴性乳腺癌免疫分析lncRNA测序原始读数计数

Raw read count lncRNA sequencing TNBC Immune Profiling 是一个面向三阴性乳腺癌免疫分析研究的 lncRNA 测序原始读数计数数据集。该数据集收录了三阴性乳腺癌患者活检组织的 lncRNA 测序原始读数计数结果，患者在新辅助化疗后表现为病理完全缓解或存在残留病灶。数据集由 van den Ende, Nadine 与 Smid, Marcel 提交，存放于 Zenodo，发布时间为 2026 年，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。数据集围绕三阴性乳腺癌、lncRNA 测序、原始读数计数、免疫分析、新辅助化疗、病理完全缓解与残留病灶等主题，为研究新辅助化疗反应相关的转录组特征提供原始计数层面的数据基础。

【数据集背景】

三阴性乳腺癌是乳腺癌中侵袭性较强、治疗选择相对有限的亚型，新辅助化疗在其临床管理中占有重要地位。患者接受新辅助化疗后，疗效呈现分化：部分患者达到病理完全缓解，即切除标本中未见浸润性癌残留；另一部分患者则存在残留病灶。识别与这两种疗效结局相关的分子特征，对于理解治疗反应机制、探索潜在生物标志物具有重要意义。长链非编码 RNA（lncRNA）作为基因表达调控的重要参与者，其在三阴性乳腺癌新辅助化疗反应中的表达模式受到关注。该数据集正是在这一研究背景下产生，聚焦于三阴性乳腺癌患者活检组织的 lncRNA 测序原始读数计数，并按病理完全缓解与残留病灶两种结局对样本进行组织，为后续差异表达与免疫相关分析提供数据入口。

【数据内容】

数据集的核心内容是 lncRNA 测序所得的原始读数计数（raw read counts）。原始计数是测序分析流程中最接近原始观测的一层数据，记录了各 lncRNA 特征在各样本中比对到的读段数目，可作为下游标准化、归一化与差异表达分析的起点。样本来源于三阴性乳腺癌患者的活检组织，并按新辅助化疗后的病理反应状态分为病理完全缓解组与残留病灶组。数据集名称中的“Immune Profiling”表明其服务于免疫分析方向，主题标签亦涵盖免疫分析、lncRNA 测序、原始读数计数、新辅助化疗、病理完全缓解与残留病灶等关键词。除上述内容外，数据集所包含的具体样本数量、lncRNA 特征数目、测序平台、读段长度、文件格式与文件组织方式等信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 doi.org，存放机构为 Zenodo，作者为 van den Ende, Nadine 与 Smid, Marcel，发布时间为 2026 年。数据产生于三阴性乳腺癌患者活检组织的 lncRNA 测序，患者均接受新辅助化疗，并按治疗后病理完全缓解或残留病灶进行分组。关于样本采集的具体时间点、活检部位、纳入与排除标准、测序建库方案、测序平台与试剂版本、原始数据处理与计数生成所用的参考注释与软件流程等实验与计算细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于以原始读数计数为起点的 lncRNA 表达分析研究，典型用途包括：比较病理完全缓解与残留病灶两组之间的 lncRNA 差异表达；构建与化疗反应相关的表达特征；结合免疫分析主题，探索 lncRNA 与肿瘤免疫微环境相关基因表达之间的关系；作为方法学研究中的计数型数据示例，用于评估标准化、归一化与差异分析流程；以及作为同类三阴性乳腺癌转录组研究的对照或验证数据来源。由于数据以原始计数形式提供，使用者可依据自身分析目标选择相应的预处理策略。需要说明的是，该数据集为测序计数数据，不包含临床结局之外的详细临床信息，源站亦未提供相关临床注释字段的说明。

【使用方法】

使用该数据集时，通常先对原始读数计数进行质量控制与过滤，剔除低表达或低质量特征，再进行归一化处理，以消除测序深度与样本组成差异带来的影响；随后可开展差异表达分析、聚类与降维可视化、通路或功能富集分析，以及围绕免疫相关基因集的关联分析。分析中应将病理完全缓解与残留病灶作为主要分组变量，并注意两组样本量对统计效能的影响。由于不同批次、不同样本处理可能引入技术变异，建议在分析中评估并控制批次效应。关于文件读取方式、计数矩阵的行列含义、样本标识与分组信息的对应关系等具体操作细节，源站未提供，使用前需依据数据文件自身的说明进行确认。

【质量与限制】

该数据集为原始读数计数，未经过标准化，直接跨样本比较计数总量可能受到测序深度差异的影响，因此不宜以原始计数直接进行样本间表达量比较。数据来源于活检组织，组织异质性、肿瘤细胞含量差异以及活检取材部位的不同均可能影响表达谱的构成。数据集按病理完全缓解与残留病灶分组，但源站未提供各组样本量、临床基线特征与随访信息，限制了对混杂因素的控制与结果的临床解读。此外，测序平台、建库方法、计数生成流程与参考注释版本等信息源站未提供，使用者在跨数据集比较或复现分析时需谨慎对待。数据集不包含原始测序读段文件的相关说明，若需从读段层面重新处理，源站未提供相应信息。

【引用与许可】

使用该数据集时应引用其作者 van den Ende, Nadine 与 Smid, Marcel，并注明数据存放于 Zenodo、发布时间为 2026 年。数据集采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可，允许在署名的前提下使用、共享与改编，具体条款以该许可文本为准。关于该数据集对应的论文、DOI 具体标识与推荐引用格式，源站未提供，引用前应核实数据记录页面的最新信息。