PRJNA688545：通过连续活检与综合分析刻画晚期乳腺癌异质性与治疗耐药
在本研究中，我们通过精准肿瘤学项目 Serial Measurements of Molecular and Architectural Responses to Therapy（SMMART），对一名转移性乳腺癌患者进行连续活检、多组学分析和纵向患者监测，讨论了其分子异质性的临床意义与后果
基本信息
资源简介
PRJNA688545：通过连续活检与综合分析刻画晚期乳腺癌异质性与治疗耐药
PRJNA688545 是一个与转移性乳腺癌分子异质性及治疗耐药研究相关的数据集，英文全称为“Characterizing Advanced Breast Cancer Heterogeneity and Treatment Resistance through Serial Biopsies and Comprehensive Analytics”。该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov，在本站归类于肿瘤 / 乳腺癌方向。其源站描述说明，该数据集伴随一篇同名手稿发布，研究围绕一名转移性乳腺癌患者展开，通过连续活检、多组学分析和纵向患者监测，讨论分子异质性带来的临床意义与后果。相关研究工作在精准肿瘤学项目 Serial Measurements of Molecular and Architectural Responses to Therapy（SMMART）框架下开展，属于一项针对晚期乳腺癌异质性与治疗抵抗的个案式研究。
【数据集背景】
该数据集所对应的研究关注晚期乳腺癌的分子异质性与治疗耐药问题。源站描述指出，研究伴随手稿“Characterizing Advanced Breast Cancer Heterogeneity and Treatment Resistance Through Serial Biopsies and Comprehensive Analytics”发布，讨论的是一名转移性乳腺癌患者中分子异质性的临床意义和后果。相关分析通过精准肿瘤学项目 SMMART 开展，该项目全称为 Serial Measurements of Molecular and Architectural Responses to Therapy，强调对患者进行连续测量与纵向监测。该案例中的患者肿瘤具有高度异质性，其分子特征在诊疗过程中发生变化，这为理解晚期乳腺癌治疗抵抗和分子演化提供了研究背景。
【数据内容】
源站描述提到，该研究整合了连续活检、多组学分析以及纵向患者监测。案例中的转移性乳腺癌患者最初诊断为 ER 阳性/HER2 阴性，随后在转移性肝脏病灶（研究活检 #1）中发现为 ER 阴性/HER2 阳性，之后又呈现三阴性特征。源站描述在此处截断，仅显示“finally triple...”，更完整内容需参见 dbGaP 研究页面。除上述信息外，源站未提供该数据集的具体样本数量、组学数据类型、文件格式、数据规模或变量字段等细节。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站描述表明其与一项通过 SMMART 项目开展的精准肿瘤学研究相关。研究采集方式包括对一名转移性乳腺癌患者进行连续活检，并结合多组学分析和纵向患者监测。源站描述提及研究活检 #1 对应转移性肝脏病灶。关于样本采集时间点、活检次数、监测周期、具体测序平台或数据处理流程，源站未提供。
【适用场景】
基于源站描述，该数据集适用于与晚期乳腺癌分子异质性、治疗耐药、连续活检、多组学分析及纵向患者监测相关的研究场景。它可用于了解一名转移性乳腺癌患者在诊疗过程中 ER、HER2 等受体状态变化的研究案例，也可作为精准肿瘤学项目 SMMART 相关研究的配套数据资源。由于源站未提供具体数据字段和规模，无法进一步说明其适用于哪些具体的分析类型或统计方法。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括如何下载、如何访问、是否需要申请权限、推荐的分析流程或软件工具等信息。源站描述仅提示“for more see dbGaP study page”，表明更完整的信息需查阅 dbGaP 研究页面。
【质量与限制】
源站描述未提供该数据集的质量评估信息，例如样本质量、测序深度、数据完整性、批次效应或验证情况。该研究在源站描述中被表述为针对一名转移性乳腺癌患者的案例研究，因此其内容可能具有个案性质。除源站描述中提到的患者受体状态变化外，源站未提供其他质量或限制相关说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议或使用限制。源站描述仅说明该数据集伴随上述手稿发布，并提示更多信息见 dbGaP 研究页面。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA688545
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本数据集随附于手稿《通过连续活检和综合分析表征晚期乳腺癌异质性及治疗耐药性》。在本研究中，我们通过精准肿瘤学项目“分子与结构对治疗反应的连续测量”（SMMART），利用连续活检、多组学分析及纵向患者监测，探讨了一例转移性乳腺癌患者分子异质性的临床意义与后果。该案例研究描述了一位转移性乳腺癌患者，其肿瘤具有高度异质性，初诊时为ER阳性/HER2阴性，随后在转移性肝病灶（研究活检#1）中发现为ER阴性/HER2阳性，最终为三阴性……（更多内容请参见dbGaP研究页面。）
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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