普拉梭菌联合PD-1阻断治疗三阴性乳腺癌的宏基因组与RNA测序整合分析
数据以 Raw sequence reads 形式提供，属于肿瘤/乳腺癌分类。可用于研究肠道菌群与免疫检查点阻断联合治疗的潜在关联，支持微生物组与转录组层面的序列分析（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
普拉梭菌联合PD-1阻断治疗三阴性乳腺癌的宏基因组与RNA测序整合分析
PRJNA1538166 是一个围绕三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer）中 Faecalibacterium prausnitzii 与 PD-1 阻断联合治疗展开的整合宏基因组与 RNA-Seq 分析项目。该数据集以原始序列读段（Raw sequence reads）的形式提供，归属于肿瘤 / 乳腺癌分类，来源为 NCBI 的 BioProject 数据库。从项目名称可以看出，其研究核心在于将微生物组层面的宏基因组数据与宿主转录组层面的 RNA-Seq 数据相结合，探索肠道细菌 Faecalibacterium prausnitzii 在与 PD-1 阻断疗法联合应用时的潜在作用。该数据集可用于研究肠道菌群与免疫检查点阻断联合治疗之间的潜在关联，并支持微生物组与转录组两个层面的序列分析，为相关领域的科研人员提供原始测序数据基础。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI 的 BioProject 数据库，源站标题为“ID 1538166 - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织形式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的各类生物学数据，这些数据通常来源于某一个机构或某一个联盟。BioProject 记录为用户提供了一个统一的入口，便于查找该项目所产生的多种数据类型。本项目聚焦于三阴性乳腺癌这一特定肿瘤类型，并围绕 Faecalibacterium prausnitzii 与 PD-1 阻断的联合方案展开整合性的宏基因组与 RNA-Seq 分析，属于肿瘤 / 乳腺癌研究范畴。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读段。这意味着数据以测序产生的原始读段形式提供，而非经过完全加工或注释后的衍生结果。结合项目名称可知，这些原始序列读段应涵盖宏基因组测序与 RNA-Seq 转录组测序两个层面，用于支撑对 Faecalibacterium prausnitzii 以及 PD-1 阻断联合治疗相关样本的序列层面分析。数据所属分类为肿瘤 / 乳腺癌，因此其内容与乳腺癌尤其是三阴性乳腺癌的研究直接相关。除上述信息外，源站未提供更细化的数据内容说明。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1538166 - BioProject - NCBI”。项目英文名称为“PRJNA1538166: Integrated metagenomic and RNA-Seq analysis of Faecalibacterium prausnitzii combined with PD-1 blockade in triple-negative breast cancer”。根据源站描述，BioProject 记录汇集了与单一研究计划相关的生物学数据，这些数据来自单一机构或联盟，并为用户提供查找该项目所产生多种数据类型的统一位置。关于具体的样本采集地点、采集时间、采集流程、受试者信息或实验操作细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究肠道菌群与免疫检查点阻断联合治疗之间的潜在关联。具体而言，其原始序列读段可用于微生物组与转录组层面的序列分析，帮助研究者从宏基因组角度考察 Faecalibacterium prausnitzii 的特征，并从 RNA-Seq 角度考察宿主基因表达层面的信息。由于项目聚焦于三阴性乳腺癌与 PD-1 阻断的联合方案，该数据集可服务于肿瘤 / 乳腺癌领域中关于微生物组与免疫治疗相互作用的探索性研究。此外，作为原始序列读段形式的数据，它也可作为下游生物信息学分析的输入材料。除上述适用方向外，源站未提供其他具体应用场景。
【使用方法】
该数据集以 Raw sequence reads 形式提供，使用者可将其作为原始测序读段进行后续处理与分析。结合项目名称中提到的整合宏基因组与 RNA-Seq 分析，使用者可分别针对宏基因组数据和 RNA-Seq 数据开展序列层面的分析，并在此基础上进行两个层面的整合研究。由于数据来源于 NCBI BioProject，用户可通过该 BioProject 记录查找与该项目相关的多种数据类型。关于具体的分析流程、推荐软件、参数设置或操作步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其提供的是原始序列读段，通常需要经过质量控制与后续处理才能用于特定分析目的。数据所属分类为肿瘤 / 乳腺癌，项目名称明确指向三阴性乳腺癌、Faecalibacterium prausnitzii 以及 PD-1 阻断联合治疗。关于数据质量评分、测序深度、覆盖度、样本量、批次信息或任何质控指标，源站未提供。关于该数据集在适用范围、分辨率或推断能力方面的具体限制，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1538166 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的具体引用方式、许可条款、使用限制或授权信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1538166
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本项目包含来自三个数据集的测序数据：（1）27只小鼠粪便样本的鸟枪法宏基因组测序；（2）10只小鼠（小家鼠）肿瘤组织的RNA-Seq；（3）6份人MDA-MB-231细胞样本（智人）的RNA-Seq。该研究旨在探究F. prausnitzii对乳腺癌小鼠模型中肠道微生物组成及肿瘤基因表达的影响。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
