PRJNA1532421：稳定过表达PGK1的THP-1来源巨噬细胞样细胞与空载体对照的bulk RNA测序
BioProject 汇集与单一计划相关的生物数据，可源自单一组织或联盟；其记录为用户提供统一入口，用于查找该项目生成的不同数据类型链接（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
PRJNA1532421：稳定过表达PGK1的THP-1来源巨噬细胞样细胞与空载体对照的bulk RNA测序
ID 1532421 - BioProject - NCBI
NCBI BioProject 记录 ID 1532421，标签为原始序列读取。BioProject 汇集与单一计划相关的生物数据，可源自单一组织或联盟；其记录为用户提供统一入口，用于查找该项目生成的不同数据类型链接（来源 NCBI）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：BioProject 是与单一研究计划相关的一组生物学数据，源自单一机构或一个联盟。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，以便找到指向该项目所生成的各种数据类型的链接。
【主题与分类】
主题标签：Raw sequence reads。本站分类：肿瘤/乳腺癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1532421
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1532421
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该项目包含来自THP-1细胞（一种人单核细胞系）的批量转录组数据，这些细胞经分化形成巨噬细胞样细胞，并用于模拟三阴性乳腺癌（TNBC）中的肿瘤相关巨噬细胞。通过慢病毒感染（pLVX构建体；嘌呤霉素筛选）构建了稳定表达空载体或PGK1的THP-1细胞。在RNA提取前，细胞先用150 nM佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯（PMA）刺激24 h，以诱导分化为M0巨噬细胞，随后用20 ng/mL IL-4和IL-13处理24 h。使用RNAsimple Total RNA Kit（FOREGENE）分离总RNA，所有六个文库均在Lianchuan（中国北京）同一批次测序。该数据集包含六个样本：每种条件（PGK1过表达和载体对照）有三个独立生物学重复，共六个RNA-seq文库。原始读段用FastQC进行质控，用fastp修剪，用HISAT2比对至GRCh38，并用featureCounts在基因水平定量。这些数据表明，巨噬细胞样细胞中PGK1过表达会上调细胞周期和缺氧相关程序（包括CCND1、MYC和HIF1A）。这些数据支持以下结论：巨噬细胞PGK1是TNBC中SPP1+ TAM-缺氧轴的候选代谢效应因子。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
