PRJNA1522362：三阴性乳腺癌同型细胞间融合来源克隆群体的基因组与转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1522362

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为研究同型细胞间融合对基因组和转录组的影响，我们在两种三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系（HCC1806 和 MDA-MB-231）中，通过低深度全基因组测序（WGS）比较了八个经单细胞分离得到的克隆细胞群体（对照）与八个融合来源的克隆群体（融合组）的拷贝数变异（CNV）。此外，我们将成对的对照克隆群体进行共培养，并单细胞分离自发产生的融合事件，以生成带有匹配亲本对照的克隆融合群体，称为匹配的融合-亲本三联体。来自匹配三联体的所有融合克隆群体也使用 WGS 进行了分析，以比较其与匹配亲本的 CNV；来自匹配三联体的所有存活的融合和对照克隆群体均通过 TagSeq（基于 3’ 标签的 RNA-seq）以生物学三重复进行检测，用于转录组分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。