TUFM靶向shRNA与TUFM过表达MDA-MB-231乳腺癌细胞RNA测序
数据可用于分析TUFM表达变化对乳腺癌细胞转录组的影响，支持差异表达分析、通路富集及基因调控网络研究，为探索TUFM在乳腺癌中的功能提供原始序列基础（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
TUFM靶向shRNA与TUFM过表达MDA-MB-231乳腺癌细胞RNA测序
PRJNA1505660 是一个围绕 TUFM 基因在乳腺癌细胞中功能研究而建立的 RNA 测序项目，研究对象为经 TUFM 靶向 shRNA 处理以及 TUFM 过表达的 MDA-MB-231 乳腺癌细胞。该数据集属于肿瘤 / 乳腺癌研究范畴，来源为 NCBI，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads）。从整体上看，该数据集提供了在 TUFM 表达被抑制或增强的条件下，乳腺癌细胞转录组层面的原始测序数据，可用于观察 TUFM 表达变化对细胞基因表达谱的潜在影响，并为后续差异表达分析、通路富集分析以及基因调控网络研究提供原始序列基础，有助于探索 TUFM 在乳腺癌中的功能。
【数据集背景】
该数据集对应 NCBI BioProject 编号 1505660，英文名称为“PRJNA1505660: RNA sequencing of TUFM-targeting shRNA and TUFM-overexpressing MDA-MB-231 breast cancer cells”。BioProject 是围绕某一项研究计划而汇集的一组生物学数据，这些数据来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的设立与 TUFM 在乳腺癌细胞中的功能研究相关，通过 RNA 测序手段获取 TUFM 靶向 shRNA 处理及 TUFM 过表达条件下的转录组数据。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读段。其英文名称表明，数据来自 TUFM 靶向 shRNA 与 TUFM 过表达的 MDA-MB-231 乳腺癌细胞的 RNA 测序。因此，数据内容属于 RNA 测序所产生的原始序列读段，涉及 TUFM 表达下调与 TUFM 表达上调两种实验条件。源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、数据量、文件格式等更具体的描述。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1505660 - BioProject - NCBI”。其记录归属于 NCBI BioProject 数据库。BioProject 作为生物学数据的集合，来源于单一机构或联合体，并围绕单一研究计划组织。该数据集所属分类为肿瘤 / 乳腺癌，研究对象为 MDA-MB-231 乳腺癌细胞。源站未提供具体的提交机构、研究团队、采样时间、建库方法等采集细节。
【适用场景】
根据侧写线索，该数据可用于分析 TUFM 表达变化对乳腺癌细胞转录组的影响，支持差异表达分析、通路富集及基因调控网络研究，为探索 TUFM 在乳腺癌中的功能提供原始序列基础。因此，其适用场景包括：比较 TUFM 靶向 shRNA 处理与 TUFM 过表达条件下 MDA-MB-231 细胞的转录组差异；开展差异表达分析以识别受 TUFM 表达变化影响的基因；进行通路富集分析以探索潜在受影响的生物学通路；以及构建基因调控网络以研究 TUFM 相关的调控关系。
【使用方法】
该数据集以原始序列读段形式提供，使用者可基于这些读段开展 RNA 测序数据的常规分析流程，例如序列比对、转录本定量、差异表达分析、通路富集分析和基因调控网络研究。由于数据涉及 TUFM 靶向 shRNA 与 TUFM 过表达两种条件，使用时可围绕 TUFM 表达变化这一核心变量进行分组比较。源站未提供具体的下载方式、分析流程、参考基因组版本或软件参数。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，主题标签为原始序列读段，属于原始测序数据。源站未提供关于数据质量评分、测序深度、重复次数、批次效应、污染控制等质量相关信息。其限制在于，当前可获取的描述仅覆盖数据集名称、分类、来源和主题标签等基本信息，缺少样本数量、实验设计细节、测序平台和数据处理状态等关键内容，因此在使用前需结合源站记录进一步确认。
【引用与许可】
该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1505660 - BioProject - NCBI”。源站未提供具体的引用格式、许可条款或使用限制。使用者在引用或使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 记录中给出的相应说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1505660
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
对表达非靶向shRNA对照、靶向TUFM的shRNA构建体（SH2）或TUFM过表达构建体的MDA-MB-231人乳腺癌细胞进行批量mRNA测序。每组三个独立收集的培养物在Illumina NovaSeq X Plus上采用150 bp双端测序进行测序。所提交的序列文件为经fastp处理、接头过滤和质量过滤的双端FASTQ读段。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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