基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

熊果酸处理（25 uM，12 h）与对照 MDA-MB-231 细胞的表达数据

PRJNA1503085 是一个围绕熊果酸处理乳腺癌细胞所开展的表达数据研究项目，全称为“Expression data from ursolic acid-treated (25 uM, 12 h) versus control MDA-MB-231 cells”。该项目聚焦于 MDA-MB-231 乳腺癌细胞在熊果酸处理条件下与未处理对照之间的转录层面差异，处理条件为 25 μM、12 小时。数据以原始序列读段（Raw sequence reads）为主要内容，来源于 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 是围绕单一研究计划收集的生物数据集合，该计划源自单一组织或联合体，并为用户提供查找该项目所生成多种数据类型链接的统一入口。该数据集在分类上归属于肿瘤／乳腺癌方向，可用于比较处理组与对照组在转录层面的差异，服务于乳腺癌细胞对熊果酸响应机制的相关研究。

【数据集背景】

该数据集对应的研究计划以 MDA-MB-231 乳腺癌细胞为对象，设置熊果酸处理组与对照组，处理条件明确为 25 μM、12 小时。其核心目的在于获取处理与未处理细胞之间的表达数据，从而在转录层面观察两者差异。熊果酸是一种天然来源的化合物，常被用于肿瘤相关研究中的干预处理；MDA-MB-231 则是乳腺癌研究中常用的细胞模型。该 BioProject 作为单一研究计划的载体，将围绕这一比较实验所产生的生物数据集中收录，便于后续检索与再利用。关于该研究计划的具体立项背景、研究机构、资助来源等信息，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读段。这意味着数据以高通量测序产生的原始读段形式存在，而非经过完整加工的表达矩阵或差异分析结果。数据内容对应的是熊果酸处理组（25 μM、12 h）与对照组 MDA-MB-231 细胞之间的表达数据比较。由于是原始读段，使用者通常需要自行完成后续的比对、定量与差异表达分析，才能得到转录层面的比较结论。关于测序平台、读长、样本数量、文库类型、重复数等具体技术参数，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库记录，编号为 1503085，英文名称为 PRJNA1503085。BioProject 的定位是围绕单一研究计划收集生物数据，该计划源自单一组织或联合体，并为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。因此，该数据集的采集与组织方式遵循 BioProject 的框架，将同一研究计划下的数据链接汇聚于一处。关于样本采集的具体地点、时间、操作流程、伦理审批等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于比较熊果酸处理组与对照组在转录层面的差异，可服务于乳腺癌细胞对熊果酸响应机制的相关研究。具体而言，研究者可基于原始序列读段开展转录组分析，探索 MDA-MB-231 细胞在 25 μM 熊果酸处理 12 小时后表达谱的变化。此外，该数据也可用于方法学验证、差异表达分析流程的测试，或作为乳腺癌细胞药物响应研究中的参考数据。由于数据以原始读段形式提供，适合具备一定生物信息学分析能力的使用者进行二次分析。关于该数据是否适用于其他细胞系、其他处理条件或其他疾病模型，源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时，首先应通过 NCBI BioProject 记录（ID 1503085）获取该项目所链接的数据。由于主题标签为原始序列读段，使用者需要按照高通量测序数据的常规处理流程，进行质量控制、比对、表达定量与差异分析，从而比较处理组与对照组在转录层面的差异。分析时应明确处理条件为 25 μM、12 小时，并以未处理 MDA-MB-231 细胞作为对照。关于具体的分析软件、参考基因组版本、标准化方法等，源站未提供，需使用者根据自身研究设计选择。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，提供的是围绕单一研究计划收集的生物数据入口，其数据主题为原始序列读段。由于源站未提供测序深度、重复数、样本量、质控指标等具体参数，使用者在开展分析前应自行评估数据质量。此外，该数据集仅涉及 MDA-MB-231 细胞在特定处理条件下的表达数据，结论不宜直接外推至其他细胞系、其他浓度或其他处理时长。关于数据的完整性、批次效应、潜在偏差等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject，编号为 1503085，英文名称为 PRJNA1503085: Expression data from ursolic acid-treated (25 uM, 12 h) versus control MDA-MB-231 cells。使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 的相关引用规范，并注明数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的具体许可条款、使用限制、引用格式要求等信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1503085

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1503085

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：熊果酸是一种天然五环三萜类化合物，据报道具有多种药理活性，包括抗癌特性。然而，其对MDA-MB-231三阴性乳腺癌细胞全局转录组谱的影响仍不完全清楚。方法：将MDA-MB-231细胞以每孔3 x 10^5个细胞的密度接种于6孔板中，并用25 uM熊果酸或溶剂对照（0.1% DMSO）处理12小时。每个处理组包含3个生物学重复。处理后，用预冷的PBS洗涤细胞，收集细胞，并在-80 C下速冻。提取总RNA并进行文库构建。由Lc-Bio Technologies (Hangzhou) Co., Ltd.（中国杭州）在Illumina平台上进行双端测序（150 bp）。对原始reads进行质量过滤并比对到人类参考基因组。对基因表达水平进行定量。对熊果酸处理组与对照组之间进行差异表达分析。

功能富集分析使用在线平台OmicStudio（www.omicstudio.cn）进行。结果：该数据集提供了一个全面的转录组资源，用于识别MDA-MB-231细胞中对熊果酸响应的基因和通路，这可能有助于理解其在乳腺癌中的分子机制，包括对细胞凋亡、细胞周期调控及其他癌症相关过程的潜在影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别