基本信息

模态

医学影像

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1495977：三阴性乳腺癌细胞自噬流上调与SQSTM1/p62-VCAM-1轴诱导对放射敏感性的影响

该数据集为 NCBI BioProject 数据库中的一项生物学研究项目，编号 PRJNA1495977，英文标题为“Concurrent upregulation of autophagic flux and induction of SQSTM1/p62-VCAM-1 axis deter radiosensitivity of triple negative breast cancer cells”。从标题可以看出，该研究聚焦于三阴性乳腺癌细胞，探讨自噬流并发上调以及 SQSTM1/p62-VCAM-1 轴的诱导如何削弱细胞的放射敏感性。数据集在分类上归属于肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为“Raw sequence reads”，表明其核心数据形式为原始测序读段。该项目的生物物种来源为 Homo sapiens（人类），整体内容围绕三阴性乳腺癌的放射敏感性机制展开，为相关领域的转录组或测序分析提供原始数据基础。

【数据集背景】

三阴性乳腺癌是乳腺癌中一种具有较强侵袭性的亚型，其治疗常涉及放射治疗，而放射敏感性的高低直接影响疗效。该 BioProject 所对应的研究旨在探索自噬流上调与 SQSTM1/p62-VCAM-1 轴诱导在放射敏感性调控中的作用。根据源站描述，BioProject 是围绕单一研究计划或倡议收集的生物学数据集合，来源于单一组织或联盟，并为用户提供统一入口以查找该项目产生的多种数据类型。该数据集正是这一框架下的一个具体项目记录，编号为 PRJNA1495977，物种为 Homo sapiens。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，说明其包含的数据类型为原始序列读段。这些读段应来自对人类三阴性乳腺癌细胞样本的测序实验，用于分析自噬流及 SQSTM1/p62-VCAM-1 轴相关基因表达或转录本变化。源站标题显示为“Homo sapiens (ID 1495977) - BioProject - NCBI”，进一步确认了其物种归属和数据库来源。除上述信息外，关于具体样本数量、测序平台、读长、数据量等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）的 BioProject 数据库。项目编号为 PRJNA1495977，属于 NCBI 所维护的公共生物学数据资源。源站描述指出，BioProject 记录汇聚了与单一研究计划相关的多种数据类型，并提供一个集中访问点。该项目的具体采集方法、实验设计、样本处理流程、测序建库方式等，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签“Raw sequence reads”以及研究标题所涉及的三阴性乳腺癌放射敏感性、自噬流和 SQSTM1/p62-VCAM-1 轴，该数据集适用于转录组分析、差异表达分析、通路富集分析等下游生物信息学处理。研究人员可利用这些原始读段探究自噬相关基因、SQSTM1（p62）以及 VCAM-1 在放射抵抗中的作用机制。此外，该数据集也可作为三阴性乳腺癌放射敏感性研究的公共数据资源，用于方法比较或整合分析。但需注意，具体适用性取决于原始数据的质量与实验设计，而后者源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录形式提供，用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问编号 PRJNA1495977 获取相关数据链接。由于主题标签为“Raw sequence reads”，使用者通常需要下载原始测序读段，并借助标准序列分析流程（如质控、比对、定量等）进行处理。源站描述强调 BioProject 为用户提供单一入口以查找该项目产生的多种数据类型，因此可通过该记录跳转至关联的 SRA（Sequence Read Archive）或其他 NCBI 资源。具体下载方式、文件格式、分析工具建议等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共数据库记录，其数据质量依赖于原始研究者的提交与 NCBI 的审核流程。然而，关于该项目的具体质量控制指标、测序深度、重复数、批次效应等信息，源站未提供。此外，由于仅包含原始序列读段，不包含经过处理的表达矩阵或统计分析结果，使用者需自行完成数据处理与验证。该数据集的结论仅适用于其特定实验条件，外推至其他细胞系或临床样本时需谨慎。源站未提供关于数据限制的更多说明。

【引用与许可】

该数据集的源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号 PRJNA1495977。使用该数据集时，应遵循 NCBI 的通用数据使用政策，并引用对应的 BioProject 记录。关于该项目的具体许可条款、引用格式、作者信息或发表文献，源站未提供。建议用户直接访问 NCBI BioProject 页面获取最新引用要求与使用限制。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1495977

访问原始数据

下载信息

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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1495977

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This Bioproject contains RNA-seq data for radioresistant and radiosensitive human breast cancer cell line MDA-MB-231 (n=3 per group)

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别