PRJNA1493858：FLASH照射在MCF10与MDA-MB-231乳腺细胞系中诱导的早期分子变化
该数据集为NCBI BioProject编号PRJNA1493858，主题为FLASH照射在MCF10与MDA-MB-231乳腺细胞系中诱导的早期分子变化，属于肿瘤/乳腺癌方向，数据主题标签为Raw sequence reads
基本信息
资源简介
PRJNA1493858：FLASH照射在MCF10与MDA-MB-231乳腺细胞系中诱导的早期分子变化
PRJNA1493858 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学研究项目，其英文名称为“Early molecular changes induced by FLASH irradiation in MCF10 and MDA-MB-231 breast cell lines.”。从名称可以看出，该项目聚焦于 FLASH 照射在 MCF10 与 MDA-MB-231 两种乳腺细胞系中诱导的早期分子变化，属于肿瘤/乳腺癌研究方向。该项目的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其数据以原始测序读段的形式呈现。作为 BioProject 记录，它为用户提供了一个集中入口，用以查找与该项目相关的多种数据类型及其链接。整体而言，该数据集面向乳腺癌细胞在特定照射条件下早期分子响应的研究，适合对辐射生物学与乳腺癌分子机制感兴趣的科研人员参考使用。
【数据集背景】
该数据集对应 NCBI BioProject 编号 PRJNA1493858，源站标题为“ID 1493858 - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 提供的一种记录形式，用于汇集与某一项研究计划相关的生物学数据，这些数据通常来自单一机构或一个联合体。BioProject 记录的核心价值在于，它为用户提供一个统一的位置，以便找到该项目所产生的不同类型数据的链接。该项目的分类归属为肿瘤 / 乳腺癌，研究主题围绕 FLASH 照射在 MCF10 与 MDA-MB-231 乳腺细胞系中诱导的早期分子变化展开。主题标签为“Raw sequence reads”，说明该项目涉及原始测序读段类型的数据。关于该研究计划的具体发起机构、联合体组成以及项目启动的背景动机，源站未提供。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读段。这意味着项目所涉及的数据类型以测序产生的原始读段为主。项目名称明确指出研究对象为 MCF10 与 MDA-MB-231 两种乳腺细胞系，研究内容为 FLASH 照射诱导的早期分子变化。因此，从数据主题来看，这些原始测序读段应当与上述细胞系在 FLASH 照射条件下的早期分子响应相关。然而，关于具体的样本数量、测序平台、读段长度、数据量大小、文件格式以及是否包含其他类型的数据（如处理后数据、注释文件等），源站未提供。此外，关于“早期分子变化”具体涉及哪些分子层面（如转录组、表观遗传等），源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。源站描述指出，BioProject 是汇集与单一研究计划相关的生物学数据的记录，这些数据源自单一机构或一个联合体。BioProject 记录为用户提供单一入口，以查找该项目产生的多种数据类型的链接。该项目的源站标题为“ID 1493858 - BioProject - NCBI”。关于该项目的具体提交机构、样本采集地点、采集时间、实验处理细节（如 FLASH 照射的剂量、剂量率、照射条件等）以及细胞系的来源与培养条件，源站未提供。
【适用场景】
基于该数据集的主题标签“Raw sequence reads”及其研究主题，该数据集适用于与乳腺癌细胞辐射生物学相关的分析场景。具体而言，可能适用于研究 FLASH 照射对 MCF10 与 MDA-MB-231 乳腺细胞系早期分子变化的影响，例如通过原始测序读段进行转录组或其他分子层面的分析。该数据集属于肿瘤 / 乳腺癌方向，因此也可用于乳腺癌相关的基础研究。由于数据以原始测序读段形式提供，适合具备测序数据分析能力的研究人员使用。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发或特定转化应用，源站未提供。
【使用方法】
该数据集为 NCBI BioProject 记录，用户可通过 BioProject 编号 PRJNA1493858 在 NCBI 网站上查找与该研究计划相关的数据链接。BioProject 记录本身提供了一个集中位置，用于链接该项目产生的多种数据类型。由于主题标签为“Raw sequence reads”，用户可能需要下载原始测序读段，并利用相应的生物信息学工具进行后续分析。关于具体的下载方式、数据访问权限、是否需要特定软件或流程，以及是否有配套的分析指南，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开的生物学数据记录。其主题标签为“Raw sequence reads”，表明数据以原始测序读段形式存在，这类数据通常需要用户自行进行质量控制与后续处理。关于该数据集的具体质量指标（如测序深度、读段质量分数、污染评估等）、数据完整性、是否存在批次效应或技术偏差，以及样本量是否足以支撑特定统计推断，源站未提供。此外，该数据集仅涉及 MCF10 与 MDA-MB-231 两种细胞系，其结论能否推广至其他细胞系或体内模型，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1493858 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款以及是否允许商业用途，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 的相关政策与源站页面上的具体说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1493858
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
FLASH放疗（FLASH-RT）以超高剂量率（UHDR）递送，已显示出在维持肿瘤控制的同时降低正常组织毒性的潜力。然而，FLASH效应的分子机制仍知之甚少，尤其是在常氧条件下。本研究探讨了FLASH与常规（CONV）电子照射在非致瘤性（MCF10A）和三阴性乳腺癌（MDA-MB-231）细胞系中诱导的早期生物学反应。细胞使用电子束以2至15 Gy的剂量范围进行照射，剂量率分别为FLASH（230 Gy/s）或CONV（6 Gy/min）。在设定的照射后时间点，评估了克隆存活、DNA损伤（gamma-H2AX和53BP1焦点）、微管组织、RNA测序转录组分析、多重Luminex法细胞因子分泌以及通过GSH/GSSG定量检测的细胞内氧化还原状态。在两种细胞系中，FLASH与CONV照射之间的克隆存活无显著差异。
然而，FLASH在两种模型中均在5 Gy照射后1小时引起γ-H2AX灶点的短暂增加，而在MDA-MB-231细胞中于24小时观察到持续的53BP1灶点，表明DNA损伤处理存在剂量依赖性差异。在MDA-MB-231细胞中，与CONV照射相比，FLASH还减轻了9 Gy照射引起的微管改变。转录组分析显示，FLASH照射后转录反应更为广泛，MCF10A细胞中线粒体呼吸链基因优先上调，而MDA-MB-231细胞中结构和信号转导基因优先上调。细胞因子谱分析表明，两种照射方式之间无定性差异，尽管FLASH倾向于增强MDA-MB-231细胞中几种炎症介质的分泌，而MCF10A细胞则表现出极小的调节。在FLASH与CONV照射之间未检测到GSH/GSSG比值的显著差异。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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