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创建/更新时间

2026-11-03

资源简介

PRJNA1492557：线粒体DNA转移驱动肿瘤可塑性与异质性

该数据集为 NCBI BioProject 编号 1492557 的项目记录，英文名称为“PRJNA1492557: Mitochondrial DNA transfer as a driver of tumor plasticity and heterogeneity”，源站标题为“Mus musculus (ID 1492557) - BioProject - NCBI”。项目以小鼠（Mus musculus）为研究对象，主题聚焦线粒体DNA转移作为肿瘤可塑性与异质性的驱动因素，本站将其归类为肿瘤/乳腺癌方向。该记录属于 NCBI BioProject 体系，BioProject 是围绕单一研究计划、由单一机构或联合体发起的一组生物学数据的集合，为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其关联数据以原始序列读段为主。以下依据可获得的信息，对该数据集进行分段介绍。

【数据集背景】

该项目来源于 NCBI BioProject 数据库，编号为 1492557，物种为 Mus musculus。其研究主题为线粒体DNA转移作为肿瘤可塑性与异质性的驱动因素。BioProject 的设计目标是将与同一研究计划相关的各类生物学数据汇聚到一条记录之下，使用户能够从一个位置出发，链接到该项目产生的不同数据类型。因此，该记录本身是一个项目层级的入口，而非单一实验或单一数据文件的描述。本站将该数据集归类为肿瘤/乳腺癌，说明其主题与肿瘤生物学相关，并涉及乳腺癌这一具体方向。关于该项目的具体研究机构、资助来源、项目起止时间等信息，源站未提供。

【数据内容】

该项目的主题标签为“Raw sequence reads”，说明其关联的数据类型以原始序列读段为主。原始序列读段通常指高通量测序平台直接产出的碱基序列及其质量信息，是后续比对、定量和变异分析的基础数据形式。结合项目主题，这些原始序列读段可能用于研究线粒体DNA转移与肿瘤可塑性、异质性之间的关系，但具体涉及哪些样本、采用何种测序策略、产生了多少数据量、覆盖哪些基因组区域等信息，源站未提供。除原始序列读段外，该项目是否还包含其他数据类型，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。项目记录的物种标注为 Mus musculus（小鼠）。BioProject 记录由发起该研究计划的单一机构或联合体提交，并作为该项目相关数据的统一入口。关于样本采集的具体地点、时间、组织类型、处理方法，以及测序平台、建库方式、测序深度等实验细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与肿瘤可塑性、肿瘤异质性以及线粒体DNA转移相关的研究方向，尤其面向以小鼠为模型、关注乳腺癌等肿瘤类型的生物信息学分析。由于主题标签为原始序列读段，该数据可用于需要从原始读段出发的二次分析流程，例如序列比对、表达或变异分析等。同时，作为 BioProject 记录，它也可用于查找同一研究计划下关联的多种数据类型。关于该数据是否适合临床诊断、是否可用于特定靶点验证等具体应用，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以编号 1492557 或项目英文名称进行检索，进入该项目的记录页面。BioProject 记录提供统一入口，用户可在其中找到指向该项目所产生的不同数据类型的链接。由于主题标签为原始序列读段，使用者通常需要根据项目页面提供的链接获取原始序列数据，再结合自身分析流程进行处理。关于具体的下载方式、文件格式、数据量、是否需要申请权限等操作细节，源站未提供。

【质量与限制】

该记录为 BioProject 项目层级条目，提供的是项目概况与数据入口，而非经过统一质控的成品数据集。原始序列读段的质量取决于原始实验与测序过程，相关质控指标、污染评估、批次信息等，源站未提供。此外，该项目的样本数量、生物学重复、统计效力等信息，源站未提供。使用者在开展分析前，应自行评估数据适用性。关于该数据是否存在使用限制或伦理约束，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1492557，英文名称为“PRJNA1492557: Mitochondrial DNA transfer as a driver of tumor plasticity and heterogeneity”。关于该项目的具体引用格式、作者列表、发表文献、许可条款及使用条件，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据前，应查阅 NCBI BioProject 记录页面及相关数据提交方的说明，以确认合适的引用方式与许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE338956

访问原始数据

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1492557

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目构建了一组B16黑色素瘤和4T1乳腺肿瘤细胞系，这些细胞系经过工程化改造，携带确定的线粒体DNA（mtDNA）变异或mtDNA含量差异（包括一株WT系、若干突变/转移mtDNA系，以及一株mtDNA缺失[p0]对照），并分别以培养细胞形式和在同基因（C57BL/6J、BALB/c）及免疫缺陷（NOD.Cg-Prkdc^scid）小鼠宿主体内生长的肿瘤形式进行研究。此外，还采用两种mtDNA变异系（E9 + FMI.12-GFP）的混合谱系共注射，以追踪体内肿瘤细胞群体间的mtDNA转移。从这些细胞系和肿瘤中生成原始序列读段，以检查与mtDNA状态相关的转录差异。该数据集支持研究线粒体基因组变异和细胞间mtDNA转移如何影响黑色素瘤和乳腺癌模型中的肿瘤细胞表型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别