PRJNA1474005:乳腺癌PDX肿瘤RNA-seq
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,本站归类为肿瘤 / 乳腺癌。BioProject 记录汇集了由单一机构或联盟发起的同一研究计划所产生的多种生物数据,并提供统一入口链接到该项目生成的不同数据类型

基本信息
资源简介
PRJNA1474005:乳腺癌PDX肿瘤RNA-seq
PRJNA1474005 是一个以乳腺癌为研究主题的公开生物项目记录,英文名称为 Breast cancer PDX tumor RNA-seq,在 NCBI 的 BioProject 数据库中编号为 1474005。该数据集在本站被归类为肿瘤 / 乳腺癌方向,来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov,主题标签为 Raw sequence reads,说明其核心数据形态是原始序列读段。BioProject 记录的作用在于汇集由单一机构或联盟发起的同一项研究计划所产生的多种生物数据,并为用户提供统一入口,以便链接到该项目生成的不同数据类型。因此,该数据集可被理解为围绕乳腺癌 PDX 肿瘤样本的 RNA 测序原始读段所建立的项目级索引,便于研究者从项目层面定位和获取相关测序数据。
【数据集背景】
该数据集对应的是一项以乳腺癌为研究方向的生物项目,项目编号为 PRJNA1474005,英文名称为 Breast cancer PDX tumor RNA-seq。从名称可以看出,该项目与乳腺癌 PDX 肿瘤的 RNA 测序相关。BioProject 作为 NCBI 提供的项目级资源,其设计目的是将同一研究计划下产生的多种生物数据集中呈现,使用户不必在多个分散的数据入口之间反复检索,而是通过一个项目记录即可找到指向不同数据类型的链接。该记录来源于 ncbi.nlm.nih.gov,本站将其归入肿瘤 / 乳腺癌分类,主题标签为 Raw sequence reads,表明该项目对外提供或索引的数据以原始序列读段为主。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,说明其数据内容属于原始序列读段类型。项目英文名称中包含 RNA-seq,指向 RNA 测序数据。项目记录本身是 BioProject 层面的条目,用于汇集同一研究计划产生的多种生物数据,并提供统一入口链接到该项目生成的不同数据类型。除上述信息外,关于样本数量、测序平台、读长、覆盖度、具体基因表达结果或分析结论等内容,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 ID 1474005 - BioProject - NCBI。BioProject 记录由单一机构或联盟发起,用于汇集同一研究计划所产生的生物数据。该项目的具体提交机构、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及测序实验的具体操作流程,源站未提供。
【适用场景】
该数据集可服务于以乳腺癌为背景的 RNA 测序相关研究场景。由于主题标签为 Raw sequence reads,其原始读段可用于需要从原始数据开始处理的分析流程。BioProject 的统一入口特性也使其适合作为项目级检索的起点,帮助用户定位同一研究计划下不同数据类型之间的关联。关于该数据集在特定分析任务中的适用性、是否适合某种特定实验设计或能否支持某种具体结论,源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库中的项目编号 1474005 访问该记录,并借助 BioProject 提供的统一入口链接到该项目生成的不同数据类型。由于主题标签为 Raw sequence reads,使用时可从原始序列读段入手开展后续处理。关于具体的下载方式、数据格式、文件组织方式、是否需要专用工具或流程,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 项目级记录,其描述强调汇集同一研究计划下的多种生物数据并提供统一入口。关于数据质量指标、测序深度、样本完整性、批次效应、数据过滤标准以及可能存在的技术偏差,源站未提供。使用者在依赖该数据集开展研究时,应结合项目记录中可链接到的具体数据条目自行评估,但源站未提供相关质量评估信息。
【引用与许可】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 ID 1474005 - BioProject - NCBI。关于该项目的引用方式、许可条款、使用限制或数据共享政策,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1474005
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
内分泌耐药性乳腺癌患者来源的异种移植瘤(PDX)在去卵巢小鼠体内生长。经载体、17β-雌二醇(E2)、恩替诺特或联合治疗后,收集肿瘤,提取RNA,并通过3’端测序进行分析。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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