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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1467175：共生菌群失调改变初级胆汁酸信号驱动乳腺炎症与乳腺肿瘤播散

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 1467175，英文标题为“Commensal Dysbiosis Alters Primary Bile Acid Signaling to Drive Mammary Gland Inflammation and Breast Tumor Dissemination”。从标题可以看出，该研究关注共生菌群失调、初级胆汁酸信号、乳腺炎症以及乳腺肿瘤播散之间的关联。数据集在分类上归属于肿瘤 / 乳腺癌方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其主题标签为“Raw sequence reads”，说明该 BioProject 汇集的是与上述研究计划相关的原始序列读长数据。BioProject 作为 NCBI 的一项资源，旨在将同一项研究计划所产生的多种数据类型集中关联，便于用户从一个入口查找和访问该项目下的相关数据。整体而言，该数据集适合作为乳腺癌与微生物组、胆汁酸代谢及炎症机制交叉研究的数据资源。

【数据集背景】

该数据集的背景来自一项以共生菌群失调为核心切入点的研究计划。其标题明确指向一条机制链条：共生菌群失调改变初级胆汁酸信号，进而驱动乳腺炎症，并最终影响乳腺肿瘤的播散。这一主题将微生物群落、胆汁酸代谢信号、乳腺局部炎症以及肿瘤转移等多个生物学层面联系起来。该 BioProject 由 NCBI 收录，编号为 1467175，属于肿瘤 / 乳腺癌分类。BioProject 的设计初衷是围绕单一研究计划或倡议，汇集来自单一组织或联合体的生物学数据，并为用户提供统一入口，以发现该项目产生的不同数据类型。因此，该数据集并非孤立的测序文件集合，而是围绕上述研究问题组织起来的项目级资源。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其数据内容以原始序列读长为主。原始序列读长通常指测序仪直接产出的碱基序列片段，尚未经过拼接、比对或注释等高级处理。结合项目标题，这些原始序列读长可能用于支持对共生菌群、胆汁酸信号相关基因表达或乳腺组织炎症与肿瘤播散相关特征的测序分析。不过，除“Raw sequence reads”这一主题标签外，源站未提供更细的数据类型、样本数量、测序平台、读长长度、文件格式或数据量等信息。因此，关于数据内容的具体构成，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1467175 - BioProject - NCBI”。其英文名称中包含 PRJNA1467175，这是该 BioProject 的登录号形式。项目标题表明其研究材料涉及共生菌群、初级胆汁酸信号、乳腺组织炎症以及乳腺肿瘤播散等生物学对象。然而，关于样本采集地点、采集时间、供体信息、伦理审批、组织类型、菌群来源或实验设计等具体采集细节，源站未提供。该 BioProject 记录本身仅说明其作为项目集合的性质，即汇集与单一研究计划相关的生物学数据，并提供指向不同数据类型的链接。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤 / 乳腺癌方向的研究，尤其是关注共生菌群失调、初级胆汁酸信号、乳腺炎症与乳腺肿瘤播散之间关系的分析场景。由于主题标签为“Raw sequence reads”，它可用于需要从原始测序读长出发进行重新分析、流程验证或方法比较的研究。例如，研究人员可能利用这些原始序列读长开展微生物组分析、转录组分析或宿主与微生物相互作用的探索。此外，该数据集也可作为 BioProject 资源，用于了解同一研究计划下不同数据类型的组织方式。但需注意，具体适用性取决于原始序列读长的实际来源与实验设计，而这些信息源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录访问，其编号为 1467175，登录号形式为 PRJNA1467175。用户可在 NCBI 网站中查找该 BioProject 记录，并通过记录中的链接定位到该项目产生的不同数据类型。由于主题标签为“Raw sequence reads”，使用者通常需要下载原始序列读长文件，并借助相应的生物信息学工具进行质量控制、比对、组装或定量分析。具体下载方式、文件组织、访问权限以及是否提供预处理数据等，源站未提供。因此，实际使用时应以 NCBI BioProject 页面所提供的信息为准。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于项目级记录，其质量与限制取决于原始序列读长本身及项目提交方提供的信息。当前可确认的主题标签为“Raw sequence reads”，说明数据以原始读长形式存在，可能未经过统一的质量过滤或高级处理。关于测序质量、覆盖度、重复性、批次效应、样本量、对照设置以及潜在偏差等具体质量指标，源站未提供。此外，该 BioProject 记录本身主要提供项目描述与数据链接，并不一定包含完整的分析结果或结论。因此，使用者在解释和再利用该数据集时，应结合原始数据与相关研究文献进行判断，不能仅凭项目标题推断具体结论。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1467175 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、数据共享政策以及是否允许再分发等具体信息，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时，应访问 NCBI BioProject 记录页面，查看项目提交方或 NCBI 所规定的引用要求与许可条件。由于源站未提供明确的许可声明，无法在此确认其开放程度或使用限制。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1467175

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1467175

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

乳腺癌是诊断率最高的恶性肿瘤，也是癌症相关死亡的主要原因之一。激素受体阳性（HR+）肿瘤是最常见的转移性亚型，而早期播散仍是主要的临床挑战。共生菌群失调，定义为具有低生物多样性的炎症性肠道微生物组，通过诱导乳腺炎症促进转移。在此，我们研究了驱动菌群失调诱导转移的系统性机制。代谢组学分析显示，在菌群失调的粪便微生物组中初级胆汁酸（BAs）升高。螯合和补充方法表明，除了驱动代谢疾病和乳腺炎症外，初级胆汁酸还通过前列腺素E2（PGE2）依赖性途径协调增强HR+肿瘤播散。对癌症基因组图谱（TCGA）的分析显示，胆汁酸、胰岛素抵抗和PGE2基因特征与HR+肿瘤患者生存期缩短相关。在使用Epic Cosmos电子健康记录数据库的补充分析中，胆汁酸螯合剂的使用与转移性疾病患者更长的限制平均生存时间相关。

总之，这些发现揭示了共生菌群失调相关的微生物胆汁酸代谢缺失会导致初级胆汁酸升高，并通过PGE2信号促进HR+转移性进展。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别