HER2+ 女性肠道菌群数据集

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1466613),主题为 HER2+ 癌症女性的肠道菌群,属于肿瘤/乳腺癌方向

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1466613: Gut microbiota in women with HER2+ cancer

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

HER2+ 女性肠道菌群数据集

该数据集为 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录,编号为 1466613,英文名称为“Gut microbiota in women with HER2+ cancer”。从名称与主题标签来看,该项目聚焦于 HER2 阳性癌症女性患者的肠道菌群,属于肿瘤领域中乳腺癌相关的研究方向。BioProject 作为生物数据的集合性记录,旨在将同一项研究计划所产生的多种数据类型汇聚于一处,便于用户集中查找与访问。该项目的主题标签为“Raw sequence reads”,表明其关联的数据类型涉及原始序列读长。整体而言,该数据集为研究 HER2 阳性乳腺癌女性肠道微生物组成提供了可检索的项目入口,适合关注肿瘤与微生物组交叉领域的研究人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集对应的是一项以 HER2 阳性癌症女性肠道菌群为主题的研究计划。HER2 阳性是乳腺癌中一种具有特定分子特征的亚型,针对该人群的肠道菌群开展研究,通常有助于探索微生物组与肿瘤生物学之间的潜在关联。该记录来源于 NCBI BioProject,BioProject 的设立目的是将源自单一机构或联合体的、与某一研究计划相关的生物数据集中收录,使用户能够通过一条记录找到该项目所产生的多种数据类型。该项目的主题标签为“Raw sequence reads”,说明其涉及原始测序读长这一数据形态。关于该研究计划的具体发起机构、资助来源、研究目标细节,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,表明其关联的数据内容属于原始序列读长类型。BioProject 记录本身并不直接等同于某一具体的数据文件,而是作为项目层面的索引,提供指向该项目所生成的各种数据类型的链接。因此,该数据集所涵盖的具体样本数量、测序平台、序列读长长度、目标基因区域或宏基因组测序策略等信息,源站未提供。关于肠道菌群的具体分类学组成、多样性指标或任何分析结果,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库,源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目编号为 1466613。根据 BioProject 的一般定义,该类记录源自单一组织或联合体所发起的研究计划。该项目的受试对象为 HER2 阳性癌症女性,研究主题为肠道菌群。关于样本采集的具体地点、时间跨度、纳入与排除标准、样本类型(如粪便样本)以及伦理审批信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要定位 HER2 阳性癌症女性肠道菌群相关原始序列读长数据的研究人员。其典型用途包括:作为项目入口检索该项目所关联的各类生物数据;在肿瘤与微生物组交叉研究中,查找针对 HER2 阳性乳腺癌人群的测序数据资源;以及作为二次分析或荟萃分析中潜在的数据来源线索。由于该记录属于项目层面的索引,用户可借助其链接进一步获取原始序列读长等数据。关于该数据集是否适用于特定分析流程或能否直接用于临床解读,源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时,用户可通过 NCBI BioProject 记录编号 1466613 进行检索,并依据记录中提供的链接访问该项目所生成的不同数据类型。由于主题标签为“Raw sequence reads”,用户可预期获取原始序列读长相关数据,但具体的下载方式、文件格式、数据量以及是否需借助特定工具进行处理,源站未提供。关于是否需要申请数据访问权限或遵守特定数据使用协议,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 项目记录,其本身是项目层面的索引性条目,而非经过统一质控的分析结果数据集。因此,关于原始序列读长的质量评分、测序深度、污染控制情况以及样本重复性等信息,源站未提供。该项目的样本量、人群代表性以及是否涵盖不同疾病分期或治疗状态,源站未提供。用户在使用时应注意,BioProject 记录的主要功能是提供数据链接与项目概览,具体数据质量需结合其关联的原始数据记录进行评估。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、是否提供标准引用格式以及是否存在数字对象唯一标识符,源站未提供。关于该项目的许可条款、数据使用限制或是否需要获得授权方可使用,源站未提供。用户在使用该数据集相关数据时,应自行查阅 NCBI BioProject 记录及其关联数据页面以获取最新的引用与许可信息。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1466613

标准获取流程:

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的是评估HER2乳腺癌女性肠道微生物群的组成。

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