PRJNA1441590：新辅助化疗后残留三阴性乳腺癌患者来源的PDX模型集
该数据集为 NCBI BioProject 收录的 PRJNA1441590，主题为来源于新辅助化疗后仍有残留病灶的三阴性乳腺癌患者的 PDX 模型集合
基本信息
资源简介
PRJNA1441590：新辅助化疗后残留三阴性乳腺癌患者来源的PDX模型集
PRJNA1441590 是 NCBI BioProject 数据库收录的一个生物项目，其英文全称为“A collection of PDX models derived from triple negative breast cancer patients with residual disease post neoadjuvant chemotherapy”。该项目的核心内容是来源于新辅助化疗后仍有残留病灶的三阴性乳腺癌患者的 PDX 模型集合。BioProject 作为生物数据的集合性记录，旨在将源自同一组织或联盟的单一研究计划所生成的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。该数据集在分类上归属于肿瘤／乳腺癌方向，主题标签为“Raw sequence reads”，表明其关联的数据类型以原始测序读段为主。整体而言，该项目为研究三阴性乳腺癌在新辅助化疗后残留病灶的生物学特征提供了 PDX 模型资源。
【数据集背景】
三阴性乳腺癌是一种缺乏雌激素受体、孕激素受体和 HER2 表达的乳腺癌亚型，其治疗选择相对有限，新辅助化疗是常用的治疗策略之一。然而，部分患者在接受新辅助化疗后仍存在残留病灶，这类残留病灶往往与不良预后相关。患者来源异种移植模型（PDX）能够在一定程度上保留原发肿瘤的组织学和分子特征，因此被广泛用于肿瘤生物学研究和药物开发。PRJNA1441590 正是围绕这一临床问题而建立的 PDX 模型集合，聚焦于新辅助化疗后仍有残留病灶的三阴性乳腺癌患者。该项目的设立有助于研究者获取与该特定临床情境相关的模型资源，从而深入探索残留病灶的生物学特性。源站未提供该项目的具体研究背景细节。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，说明其包含的数据类型以原始测序读段为主。作为 BioProject 记录，它提供了指向该项目所生成的各种数据类型的链接入口。项目本身是一个 PDX 模型集合，因此可以理解为其关联的数据可能涵盖这些模型的测序数据。源站未提供具体的样本数量、测序平台、读长、数据量或模型数量等详细信息。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。项目编号为 PRJNA1441590，源站标题为“ID 1441590 - BioProject - NCBI”。根据项目名称，其生物材料来源于新辅助化疗后仍有残留病灶的三阴性乳腺癌患者，并据此建立了 PDX 模型。源站未提供具体的采集地点、时间范围、患者数量或模型建立方法等细节。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤学、乳腺癌研究，尤其是三阴性乳腺癌新辅助化疗后残留病灶相关的研究领域。具体而言，可用于探索残留病灶的分子特征、筛选潜在治疗靶点、开展药物敏感性测试，或利用 PDX 模型进行临床前研究。由于主题标签为“Raw sequence reads”，该数据也可用于测序数据的再分析，例如基因表达分析、突变检测或拷贝数变异研究。源站未提供该数据集的具体应用案例或验证结果。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该项目的记录页面，并由此链接到项目所关联的各种数据资源。BioProject 记录的设计目的正是为用户提供一个集中查找项目相关数据的入口。用户可根据自身研究需求，下载或分析其中的原始测序读段数据。源站未提供具体的数据下载格式、分析流程或工具推荐。
【质量与限制】
作为 BioProject 记录，该项目提供了数据类型的链接和基本描述，但源站未提供关于数据质量评估、测序深度、覆盖度或模型验证等方面的具体信息。此外，PDX 模型虽然能够保留部分原发肿瘤特征，但其与原始肿瘤之间可能存在差异，这是该领域普遍存在的局限性。源站未提供该数据集特有的质量指标或限制说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议或使用条款。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 数据库的通用引用规范和相关政策。源站未提供具体的引用文献或数据使用许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1441590
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
新出现的证据表明，非遗传机制在治疗耐药中起着重要作用，然而，新辅助化疗（NAC）治疗后残留肿瘤中由此产生的瘤内转录异质性及其与耐药性的关联尚未完全明了。为了表征可能在新辅助化疗后持续存在的化疗耐药相关细胞群体，我们构建了一个高分辨率的单细胞RNA图谱，该图谱源自十四例三阴性乳腺癌患者在新辅助化疗后有残留病灶的患者来源异种移植（PDX）模型。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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