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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1440219：Erastin 诱导三阴性乳腺癌细胞铁死亡

该数据集为 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录，英文名称为“PRJNA1440219: Erastin induce ferroptosis in triple-negative breast cancer cells”，源站编号为 ID 1440219。从名称可以看出，该项目围绕 Erastin 诱导三阴性乳腺癌细胞发生铁死亡这一主题展开，属于肿瘤/乳腺癌研究方向。BioProject 是 NCBI 提供的一种生物数据集合记录形式，用于汇集由单一机构或联盟发起的同一项研究计划所产生的多种类型数据，并为用户提供统一入口，以便查找该项目下生成的不同数据类型。该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其涉及原始序列读长数据。本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向，侧写线索给出的短描述同样指向 Erastin 诱导三阴性乳腺癌细胞铁死亡这一研究主题。

【数据集背景】

三阴性乳腺癌是乳腺癌的一种亚型，其治疗选择相对有限，因此相关细胞机制研究具有重要价值。铁死亡是一种与铁依赖性脂质过氧化相关的细胞死亡方式，Erastin 是研究中常用于诱导铁死亡的化合物之一。该 BioProject 记录正是围绕 Erastin 诱导三阴性乳腺癌细胞发生铁死亡这一生物学问题而建立。根据源站描述，BioProject 记录本身并不直接等同于某一类具体实验数据，而是作为一项研究计划的汇总入口，将来自同一组织或联盟的多种数据类型关联在一起，方便用户从一个统一位置获取该项目的相关数据链接。该项目的主题标签为“Raw sequence reads”，说明其关联的数据类型包含原始序列读长。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读长。源站未提供关于样本数量、测序平台、读长长度、数据量、文件格式等更具体的描述。该 BioProject 记录作为数据集合入口，可能关联该项目下生成的不同数据类型，但具体包含哪些数据文件、各文件的具体内容，源站未提供。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，侧写线索指出其主题为 Erastin 诱导三阴性乳腺癌细胞发生铁死亡，因此可以判断该原始序列读长数据与这一研究主题相关，但具体涉及哪些基因、通路或细胞系，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1440219 - BioProject - NCBI”。根据源站描述，BioProject 记录来源于单一组织或联盟，用于汇集与单一研究计划相关的生物数据。该项目的英文名称为“PRJNA1440219: Erastin induce ferroptosis in triple-negative breast cancer cells”，表明其研究主题为 Erastin 诱导三阴性乳腺癌细胞铁死亡。关于样本采集地点、采集时间、实验操作流程、测序机构等具体信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与三阴性乳腺癌及铁死亡相关的研究场景。由于主题标签为“Raw sequence reads”，其原始序列读长数据可用于转录组、基因表达或其他基于测序的分析，以探索 Erastin 诱导三阴性乳腺癌细胞铁死亡过程中的分子变化。该数据也可用于生物信息学流程的验证、差异表达分析、通路富集分析等常见测序数据下游分析场景。此外，由于 BioProject 记录提供统一入口以查找同一项目下的多种数据类型，该数据集还可用于整合该项目关联的不同类型数据。具体适用场景需结合源站提供的实际数据内容判断，源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，源站标题为“ID 1440219 - BioProject - NCBI”，英文名称为“PRJNA1440219: Erastin induce ferroptosis in triple-negative breast cancer cells”。BioProject 记录提供指向该项目下不同数据类型的链接，用户可据此定位原始序列读长数据及其他关联数据。关于数据下载方式、分析工具、参数设置等具体使用方法，源站未提供。用户需根据实际获取的数据类型和自身研究目的选择相应的分析流程。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开数据库记录。源站未提供关于数据质量评估、测序深度、覆盖度、重复性、批次效应等具体质量指标。由于该记录为 BioProject 汇总入口，其本身不直接代表某一具体实验的数据质量，用户需在获取具体数据后自行评估。该数据集的限制包括：源站未提供样本数量、测序平台、数据量等关键细节，可能影响用户对数据适用性的判断；此外，BioProject 记录可能关联多种数据类型，用户需仔细甄别所需数据。源站未提供其他质量与限制说明。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1440219 - BioProject - NCBI”，英文名称为“PRJNA1440219: Erastin induce ferroptosis in triple-negative breast cancer cells”。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、是否允许商业使用等具体信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的相关规定，并参考源站页面获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1440219

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1440219

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为进一步探索Erastin在三阴性乳腺癌(TNBC)中的作用机制，我们对经Erastin(20μM)处理48小时的MDA-MB-231细胞进行了转录组测序实验。RNA-seq数据显示，Erastin处理组中有365个基因上调，614个基因下调。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析显示，Erastin诱导的TNBC细胞死亡与TNF信号通路、造血细胞谱系、Toll样受体信号通路及铁死亡相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别