基本信息

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创建/更新时间

2026-10-21

资源简介

JAK2缺陷EO771小鼠乳腺癌肿瘤scRNAseq

该数据集为JAK2缺陷EO771小鼠乳腺癌肿瘤的单细胞RNA测序原始序列数据，来源于NCBI。研究将JAK2敲除（KO）及JAK2 KO联合NEDD8 KO的EO771小鼠乳腺癌细胞系皮下注射至16只C57BL/6NTac小鼠，每组8只。研究旨在揭示肿瘤中neddylation缺陷如何帮助逆转干扰素抵抗并增强抗PD-1疗效。从肿瘤接种后第17天开始，小鼠接受腹腔注射抗PD-1或IgG2a同型对照治疗。第24天提取完整肿瘤并进行测序。该数据集属于肿瘤/乳腺癌分类，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads），可为乳腺癌免疫治疗抵抗机制及联合治疗策略研究提供单细胞水平的原始测序数据。

【数据集背景】

该数据集对应的研究聚焦于肿瘤微环境中的免疫治疗抵抗问题。具体而言，研究试图揭示neddylation缺陷在肿瘤中如何帮助逆转干扰素抵抗并增强抗PD-1疗法的疗效。研究对象为小鼠乳腺癌细胞系EO771，通过基因敲除手段构建了JAK2缺陷模型，并在此基础上进一步联合NEDD8敲除，以观察neddylation通路缺陷对免疫治疗响应的影响。JAK2是干扰素信号通路中的关键激酶，其缺陷常与干扰素抵抗相关；而NEDD8相关neddylation修饰的缺失可能改变这一抵抗状态。该研究利用单细胞RNA测序技术，在单细胞分辨率下分析肿瘤细胞的转录组变化，以期阐明联合基因缺陷与免疫检查点治疗之间的相互作用机制。

【数据内容】

该数据集包含单细胞RNA测序产生的原始序列读段（Raw sequence reads）。测序样本来自JAK2敲除（KO）以及JAK2 KO联合NEDD8 KO的EO771小鼠乳腺癌肿瘤。实验共涉及16只C57BL/6NTac小鼠，每组细胞系8只。所有小鼠在肿瘤接种后第17天开始接受腹腔注射抗PD-1或IgG2a同型对照治疗，第24天提取完整肿瘤进行测序。因此，数据内容涵盖了不同基因缺陷背景和不同免疫治疗条件下的小鼠乳腺癌肿瘤单细胞转录组原始读段。源站未提供关于测序深度、细胞数量、读长、建库方法等具体技术参数。

【采集与来源】

数据来源于NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），数据集英文名称为“PRJNA1438960: scRNAseq of JAK2 deficient EO771 murine breast cancer tumor”。样本采集自接受皮下注射EO771小鼠乳腺癌细胞系的C57BL/6NTac小鼠。细胞系包括JAK2 KO和JAK2 KO联合NEDD8 KO两种。肿瘤接种后第17天起进行抗PD-1或IgG2a同型对照的腹腔注射治疗，第24天提取完整肿瘤组织并测序。源站未提供样本采集的具体地点、伦理审批信息、测序平台及试剂来源等细节。

【适用场景】

该数据集适用于乳腺癌免疫治疗抵抗机制的研究，尤其是干扰素信号通路缺陷与neddylation修饰之间的相互作用。具体应用场景包括：分析JAK2缺陷如何影响肿瘤细胞对干扰素的响应；探讨NEDD8敲除是否能够逆转JAK2缺陷导致的干扰素抵抗；评估抗PD-1治疗在不同基因缺陷背景下的疗效差异；利用单细胞转录组数据识别肿瘤细胞亚群、免疫细胞浸润状态及细胞间通讯变化。此外，该数据集也可用于方法学比较、单细胞分析流程验证以及作为乳腺癌免疫治疗相关研究的公共数据资源。

【使用方法】

使用者可依据NCBI提供的原始序列读段进行后续分析。典型流程包括：原始读段质控、比对至小鼠参考基因组、表达定量、细胞过滤与注释、降维聚类、差异表达分析、通路富集分析以及免疫微环境解析。由于数据涉及两种基因缺陷背景和两种治疗条件，建议在分析时按实验分组进行分层比较，以识别与JAK2缺陷、NEDD8缺陷及抗PD-1治疗相关的细胞状态和转录特征。源站未提供具体的分析流程或推荐参数，使用者需根据自身研究目的选择合适工具。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量的具体指标，如测序质量值、比对率、细胞活率、双细胞率等。该数据集为原始序列读段，未经过高级别注释或标准化处理，使用者需自行完成质控和下游分析。此外，样本量有限，共16只小鼠，每组8只，可能影响统计功效。研究仅涉及EO771小鼠乳腺癌模型，结论向其他乳腺癌亚型或人类乳腺癌的外推需谨慎。源站未提供数据限制的详细说明。

【引用与许可】

源站未提供引用格式和许可信息。使用者应直接访问NCBI数据集页面获取相关引用要求和许可条款。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1438960

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1438960

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究的目的是揭示肿瘤中neddylation缺陷如何帮助逆转干扰素耐药性并增强抗PD1疗效。将JAK2敲除(KO) +/- NEDD8 KO的小鼠乳腺癌肿瘤细胞系EO771皮下注射到16只C57BL/6NTac小鼠中（每种细胞系8只小鼠）。从肿瘤接种后第17天开始，小鼠接受腹腔注射抗PD-1或IgG2a同型对照治疗。第24天，提取整个肿瘤并进行测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别