基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

乳腺癌患者单端循环microRNA测序多中心MENA队列

PRJNA1436574 是一个聚焦于乳腺癌液体活检方向的公开生物项目，全称为“Single-end circulating microRNA sequencing of breast cancer patients for detection and therapy response in a multicenter MENA cohort”。该项目围绕乳腺癌患者的循环 microRNA 展开单端测序，产出的数据类型为原始序列读段（Raw sequence reads）。项目来自多中心 MENA 队列，研究目标指向乳腺癌的检测以及治疗反应评估。作为 NCBI BioProject 体系下的一条记录，它为使用者提供了一个集中入口，用以定位该项目所产生的各类相关数据。整体而言，该数据集属于肿瘤／乳腺癌领域，适合关注循环 microRNA 测序、乳腺癌分子标志物及治疗反应研究的人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 1436574，英文标题明确指向乳腺癌患者的循环 microRNA 单端测序，研究场景为多中心 MENA 队列，研究目的涵盖检测与治疗反应两个方面。BioProject 是围绕某一项研究计划而汇集生物数据的记录形式，这些数据可来自单一机构，也可来自一个联合体。BioProject 记录的价值在于为用户提供一个统一位置，以便找到该项目所生成的不同类型数据的链接。因此，PRJNA1436574 本身并非单一测序文件，而是一个项目级入口，指向该项目下的原始序列读段等数据资源。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读段。结合项目标题可知，这些读段来自乳腺癌患者循环 microRNA 的单端测序。数据内容围绕循环 microRNA 展开，而非基因组 DNA 或全转录组等其他类型。项目标题同时表明，这些测序数据服务于检测与治疗反应研究，因此其数据内容在概念上对应乳腺癌患者样本中的循环 microRNA 序列信息。除上述信息外，源站未提供更细的数据内容说明，例如具体样本数量、读长、测序平台或数据量等。

【采集与来源】

该项目的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。项目标题指出其样本来自多中心 MENA 队列，即多个中心参与的 MENA 地区队列研究。研究对象为乳腺癌患者。测序策略为单端循环 microRNA 测序。关于各中心的具体名称、所在国家、招募时间、入组标准、样本采集流程及伦理审批信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于与乳腺癌循环 microRNA 相关的研究场景，包括乳腺癌检测标志物的探索以及治疗反应相关分析。由于数据为原始序列读段，使用者可将其用于 microRNA 表达定量、差异表达分析、候选标志物筛选等下游分析流程。多中心 MENA 队列的背景提示该数据可能适用于关注该地区人群特征的研究，但具体适用性仍需结合源站提供的项目信息判断。源站未提供关于数据可支持的具体分析类型或已验证应用场景的进一步说明。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1436574）作为入口，查找该项目所生成的数据链接。BioProject 记录的设计目的正是让用户在一个位置找到与同一项目相关的多种数据类型。由于主题标签为原始序列读段，使用者通常需要下载原始测序读段后，再进行质量控制、比对或定量等后续处理。关于具体的下载方式、数据文件格式、是否提供处理后的表达矩阵，以及推荐的分析工具或流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读段，通常需要使用者自行完成质量控制与后续分析，其分析结果依赖于所采用的处理流程。项目标题表明数据来自多中心队列，多中心设计可能带来中心间差异，但源站未提供关于批次效应、质控指标或数据完整性的具体说明。关于样本量、测序深度、读长、覆盖度、是否包含对照样本、临床信息是否可获取等关键质量与限制信息，源站未提供。使用者应结合 BioProject 记录中的原始信息自行评估数据适用性。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，对应 BioProject ID 1436574。关于该项目的引用方式、许可条款、数据使用限制或授权要求，源站未提供。使用者如需引用或使用该数据，应查阅 NCBI BioProject 记录及相关数据页面以获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1436574

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1436574

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含来自中东和北非地区多中心队列收集的乳腺癌患者循环血浆样本的单端小RNA测序（miRNA-seq）数据。该研究旨在识别一种用于乳腺癌检测和预测新辅助治疗反应的微创循环microRNA特征。数据包括来自未接受过治疗的患者样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别