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创建/更新时间

2026-10-21

资源简介

CDK7敲低或CDK6过表达联合CDK7抑制剂处理乳腺癌细胞

该数据集收录于NCBI BioProject，编号为PRJNA1435545，研究主题围绕乳腺癌细胞中CDK7抑制与CDK6表达状态之间的相互作用。数据集以T47D和MCF7两种乳腺癌细胞系为实验对象，涵盖CDK7敲低、CDK6过表达以及CDK7抑制剂PIK75或THZ1处理等多种条件，共包含18个RNA-seq样本和6个ChIP-seq样本。RNA-seq用于在转录组层面观察不同遗传背景和药物处理下的基因表达变化，ChIP-seq则用于在染色质层面捕捉蛋白与DNA的结合信息。该数据集属于肿瘤/乳腺癌研究领域，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads），适合用于探索CDK7抑制剂在乳腺癌细胞中的应答机制以及CDK6过表达对药物敏感性的潜在影响。

【数据集背景】

乳腺癌是常见的恶性肿瘤之一，其发生发展与细胞周期调控和转录调控异常密切相关。CDK7作为细胞周期蛋白依赖性激酶家族成员，在转录调控和细胞周期进程中发挥重要作用；CDK6则是调控细胞周期G1期进展的关键激酶。该数据集通过CDK7敲低、CDK6过表达以及CDK7抑制剂PIK75或THZ1处理等条件，在T47D和MCF7乳腺癌细胞系中构建了多种实验组，旨在从RNA-seq和ChIP-seq两个层面获取数据，为研究CDK7抑制与CDK6表达状态之间的关联提供原始序列数据。

【数据内容】

该数据集包含18个RNA-seq样本和6个ChIP-seq样本。RNA-seq样本的分布为：T47D细胞系中，4个样本来自vehicle对照，2个样本来自shCDK7敲低，4个样本来自PIK75或THZ1处理；MCF7细胞系中，CDK6过表达条件下有2个vehicle对照样本和2个PIK75处理样本；T47D细胞系中，CDK6过表达条件下有2个vehicle对照样本和2个PIK75处理样本。ChIP-seq样本的分布为：T47D细胞系中，1个样本来自vehicle对照，2个样本来自PIK75处理；MCF7细胞系中，2个样本来自vehicle对照，4个样本来自PIK75处理。上述样本均以原始序列读段形式提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为ncbi.nlm.nih.gov，属于NCBI BioProject数据库中的一项公开项目，项目编号为PRJNA1435545。源站描述中说明了样本的细胞系来源、处理条件及样本数量分布，但未提供具体的实验操作流程、测序平台型号、测序深度、建库方法等细节。样本所涉及的细胞系为T47D和MCF7，均为乳腺癌研究中常用的细胞模型。数据以原始序列读段形式提交，用户可通过NCBI相关数据库获取。

【适用场景】

该数据集适用于乳腺癌细胞中CDK7抑制相关研究，包括但不限于：分析CDK7敲低或CDK7抑制剂处理对T47D和MCF7细胞转录组的影响；比较CDK6过表达与对照条件下细胞对PIK75或THZ1应答的差异；结合RNA-seq与ChIP-seq数据，探索CDK7抑制在染色质层面的结合变化及其与基因表达调控的关系；也可作为乳腺癌细胞系中CDK7/CDK6相关信号通路研究的公共数据资源，用于假设生成或与其他数据集进行整合分析。

【使用方法】

用户可通过NCBI BioProject编号PRJNA1435545访问该项目页面，获取RNA-seq和ChIP-seq原始序列读段的下载链接或访问方式。在使用时，可根据样本描述中的细胞系、处理条件和样本数量信息，将样本划分为不同的实验组和对照组，分别进行转录组分析或染色质结合分析。由于源站未提供具体的分析流程和参数，用户需根据自身研究目的选择适当的比对、定量和差异分析工具。若需结合RNA-seq与ChIP-seq进行多组学分析，应注意样本对应关系，并依据实验设计进行合理的统计比较。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估信息，包括测序质量、比对率、重复性等指标。样本数量方面，部分实验组的样本量较小，例如T47D中shCDK7敲低组仅有2个RNA-seq样本，MCF7中CDK6过表达条件下的vehicle和PIK75组各仅有2个RNA-seq样本，T47D中CDK6过表达条件下的vehicle和PIK75组也各仅有2个RNA-seq样本，可能在统计功效上存在限制。此外，源站未提供实验批次、生物学重复与技术重复的区分信息，也未说明是否存在样本排除或数据过滤情况。用户在使用时应结合自身分析需求评估数据适用性。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式及许可信息。用户在使用该数据集时，应参考NCBI BioProject页面中可能提供的引用说明，并遵循NCBI数据库的相关使用条款。由于源站未明确许可类型，建议用户直接访问项目页面获取最新的引用与使用要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE335516

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1435545

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该BioProject包含18个RNA-seq样本（T47D：4个载体对照，2个来自shCDK7敲低，4个来自PIK75或THZ1处理；CDK6过表达的MCF7：2个载体对照，2个来自PIK75处理；CDK6过表达的T47D：2个载体对照，2个来自PIK75处理）和6个ChIP-seq样本（T47D：1个载体对照，2个来自PIK75处理；MCF7：2个载体对照，4个来自PIK75处理）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别