对照EV与Mxd3过表达4T1原位乳腺癌肿瘤的Bulk-Seq转录组测序
该数据集为4T1原位乳腺癌模型中对照EV肿瘤与Mxd3过表达肿瘤的Bulk-Seq转录组测序数据，每组设三个生物学重复，分别来自三只不同受体小鼠的肿瘤
基本信息
资源简介
对照EV与Mxd3过表达4T1原位乳腺癌肿瘤的Bulk-Seq转录组测序
该数据集记录了在4T1原位乳腺癌模型中，对对照EV肿瘤与Mxd3过表达肿瘤进行Bulk-Seq转录组测序所获得的原始序列读段。研究以三只不同受体小鼠来源的肿瘤作为每组三个生物学重复，旨在从转录组层面比较两组肿瘤的基因表达差异。数据来源于NCBI，属于肿瘤/乳腺癌分类，主题标签为原始序列读段。整体而言，该数据集为探索Mxd3过表达在乳腺癌原位模型中的转录组效应提供了基础测序资源，适用于差异表达分析、通路富集等下游研究，但具体分析结论需结合实验设计与后续验证。
【数据集背景】
乳腺癌是严重威胁女性健康的恶性肿瘤之一，其发生发展涉及复杂的基因表达调控网络。4T1细胞系是一种常用的小鼠乳腺癌模型，能够模拟人类乳腺癌的原位生长与转移特性。在本研究中，研究者关注Mxd3基因过表达对4T1原位乳腺癌肿瘤转录组的影响。Mxd3作为转录调控相关因子，其过表达可能改变肿瘤细胞的基因表达谱。为了系统评估这种改变，研究采用Bulk-Seq转录组测序技术，对对照组（EV，即空载体）肿瘤和Mxd3过表达组肿瘤进行比较分析。该数据集正是这一研究产生的原始测序数据，为后续差异表达基因筛选和功能机制探索提供了起点。
【数据内容】
该数据集包含Bulk-Seq转录组测序的原始序列读段。实验分组为对照组EV肿瘤和Mxd3过表达肿瘤，每组设置三个生物学重复。这些重复分别来自三只不同受体小鼠的肿瘤组织，体现了生物学上的独立性。数据主题标签为“Raw sequence reads”，表明所提供的是未经处理的测序读段，而非已比对或定量的表达矩阵。用户可利用这些原始读段进行质量控制、比对、转录本组装和表达定量等标准转录组分析流程。数据未包含具体的读长、测序深度、平台型号等信息，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），数据集英文名称为“PRJNA1435062: Bulk-Seq transcriptome profiling of control EV and Mxd3 overexpressing 4T1 0rthotopic breast tumors”。研究在4T1原位乳腺癌模型中进行，肿瘤取自三只不同受体小鼠，分别对应三个生物学重复。测序对象为对照组EV肿瘤和Mxd3过表达组肿瘤。关于样本采集的具体时间点、肿瘤体积、小鼠品系背景、测序平台及建库方法等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌转录组学的相关研究。具体而言，可用于比较Mxd3过表达与对照EV肿瘤之间的差异表达基因分析，进而探索Mxd3可能影响的信号通路和生物学过程。此外，也可用于转录组测序数据分析方法的建立与验证，例如比对算法评估、表达定量工具测试等。由于数据来自原位乳腺癌模型，对于研究肿瘤微环境、肿瘤免疫相关基因表达变化也具有一定参考价值。但需注意，该数据集仅包含原始读段，不包含临床信息或表型数据，因此不适用于直接进行临床相关性分析。
【使用方法】
使用该数据集时，通常需要从NCBI下载原始序列读段（如SRA格式），然后进行质量控制以去除低质量读段和接头污染。随后，可将读段比对到小鼠参考基因组，进行转录本组装和表达定量。获得表达矩阵后，可开展差异表达分析、主成分分析、聚类分析以及基因本体或通路富集分析。由于每组仅有三个生物学重复，统计功效有限，建议采用适合小样本的差异分析工具，并对结果进行谨慎解释。具体分析流程和参数选择应依据研究目的和所用软件文档确定。
【质量与限制】
该数据集每组三个生物学重复，样本量较小，可能影响差异表达分析的统计效力。数据为原始序列读段，其质量取决于测序平台和建库过程，但源站未提供具体的质量指标如Q30比例、比对率等。此外，数据仅涵盖对照组EV和Mxd3过表达组，缺乏其他干预条件或时间序列，因此结论的普适性有限。由于是动物模型数据，不能直接外推至人类乳腺癌。关于测序深度、读长、平台版本等关键质量信息，源站未提供，用户需在下载后自行评估。
【引用与许可】
该数据集来源于NCBI，具体引用方式应遵循NCBI的相关要求。关于数据集的许可协议、使用限制以及是否允许商业用途等信息，源站未提供。用户在发表基于该数据集的研究成果时，应按照NCBI建议引用原始项目编号或相关文献。建议直接访问NCBI页面获取最新的引用和许可说明。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1435062
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在本研究中，对4T1原位乳腺癌模型中的对照EV肿瘤和Mxd3过表达肿瘤进行了Bulk-seq转录组测序。每组设置了三个生物学重复，分别来自三只不同的受体小鼠的肿瘤。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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