PRJNA1433522：人源乳腺癌脑嗜性细胞RNA-seq原始序列数据
该数据集来自NCBI，包含6个样本的人乳腺癌脑嗜性细胞（MDA-MB-231-BR）RNA-seq数据，其中3个样本稳定表达shRNA-Control，3个样本稳定表达靶向ACSS2的shRNA
基本信息
资源简介
PRJNA1433522：人源乳腺癌脑嗜性细胞RNA-seq原始序列数据
PRJNA1433522 是一个收录于 NCBI 的肿瘤学相关数据集，聚焦于乳腺癌研究领域。该数据集全称为 Homo sapiens Raw sequence reads，属于原始序列读长类型，来源于人类乳腺癌脑嗜性细胞模型。项目共包含 6 个 RNA-seq 样本，这些样本均来自 MDA-MB-231-BR 细胞系，其中 3 个样本稳定表达 shRNA-Control，另外 3 个样本稳定表达靶向 ACSS2 的 shRNA。该数据集为研究 ACSS2 在乳腺癌脑转移过程中的作用提供了转录组层面的原始测序数据，适合开展基因表达差异分析、通路富集分析等下游研究。数据以原始序列读长形式提供，使用者需自行完成比对、定量等处理步骤。
【数据集背景】
乳腺癌是女性常见的恶性肿瘤之一，脑转移是导致患者预后不良的重要原因。MDA-MB-231-BR 是一种具有脑嗜性的人乳腺癌细胞模型，常用于研究乳腺癌脑转移的分子机制。ACSS2 是乙酰辅酶A合成酶家族成员，参与代谢与基因表达调控。该数据集通过 RNA-seq 技术，对比稳定表达 shRNA-Control 与稳定表达靶向 ACSS2 的 shRNA 的 MDA-MB-231-BR 细胞，旨在从转录组水平揭示 ACSS2 敲低对乳腺癌脑嗜性细胞基因表达的影响。该数据集属于肿瘤/乳腺癌分类，主题标签为 Raw sequence reads，来源于 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据内容】
该数据集包含 6 个样本的 RNA-seq 数据，均为人类乳腺癌脑嗜性细胞 MDA-MB-231-BR。其中 3 个样本稳定表达 shRNA-Control，作为对照组；另外 3 个样本稳定表达靶向 ACSS2 的 shRNA，作为实验组。数据以原始序列读长形式提供，即 Raw sequence reads，未经过比对或表达定量处理。每个样本的具体测序读长数、碱基总数、测序深度、读长长度等细节，源站未提供。样本的性别、年龄、临床分期等供体信息，源站未提供。数据未提及是否包含生物学重复以外的技术重复，源站未提供相关信息。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI，源站描述指出项目包含 6 个样本的 RNA-seq 数据，样本为稳定表达 shRNA-Control 或靶向 ACSS2 的 shRNA 的人乳腺癌脑嗜性细胞 MDA-MB-231-BR。数据采集的具体时间、地点、实验操作流程、建库方法、测序平台等信息，源站未提供。样本的伦理审批信息、知情同意情况，源站未提供。数据提交者、所属研究机构、资助来源等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌脑转移相关的转录组研究，尤其是针对 ACSS2 基因功能的探索。具体应用包括：比较 shRNA-Control 与 shRNA-ACSS2 组之间的差异表达基因，识别 ACSS2 调控的靶基因与信号通路；开展基因集富集分析、通路富集分析，揭示 ACSS2 在代谢重编程、细胞存活、迁移侵袭等方面的潜在作用；作为乳腺癌脑嗜性细胞模型的基线表达谱，与其他数据集进行整合分析；也可用于验证特定基因在乳腺癌脑转移中的表达变化。由于数据为原始序列读长，使用者需具备生物信息学处理能力，完成质控、比对、定量等步骤后方可进行下游分析。
【使用方法】
使用该数据集时，首先需从 NCBI 下载原始序列读长文件，通常为 SRA 格式，可使用 SRA Toolkit 等工具进行格式转换。随后进行质量控制，常用工具包括 FastQC、Trimmomatic 等，去除低质量读长与接头序列。接着将清洗后的读长比对到人类参考基因组，常用比对工具如 HISAT2、STAR 等。比对完成后，可使用 featureCounts、HTSeq 等工具进行基因水平定量，得到表达矩阵。基于表达矩阵，可开展差异表达分析，常用工具包括 DESeq2、edgeR 等，比较 shRNA-Control 与 shRNA-ACSS2 组之间的表达差异。后续可进行 GO、KEGG 等富集分析，以及转录因子调控网络分析。分析过程中需注意样本量较小，统计效力有限，结果解释应谨慎。
【质量与限制】
该数据集仅包含 6 个样本，每组 3 个生物学重复，样本量较小，可能影响差异表达分析的统计效力与结果稳健性。数据为原始序列读长，未提供比对后的表达矩阵或定量结果，使用者需自行完成预处理，不同处理流程可能引入批次效应或技术偏差。源站未提供测序深度、读长长度、测序平台、建库方法等关键质控信息，无法评估数据质量。此外，源站未提供样本的临床背景、供体信息、伦理审批等，限制了数据的临床转化价值。该数据集仅针对 MDA-MB-231-BR 细胞系，结论外推到其他乳腺癌亚型或体内模型时需谨慎。ACSS2 敲低效率、脱靶效应等信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议、使用限制等信息，源站未提供。使用者应遵循 NCBI 的相关数据使用政策，并尊重原始数据提交者的权益。建议在发表研究成果时，按照 NCBI 要求引用该数据集的项目编号 PRJNA1433522，并注明数据来源。具体引用格式与许可条款，请以 NCBI 源站页面公布的信息为准。源站未提供数据提交者的联系方式或相关发表文献，使用者可自行检索关联出版物。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1433522
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本项目包含6个RNA-seq样本，来源于稳定表达3个shRNA对照和3个靶向ACSS2的shRNA的人乳腺癌脑趋向细胞（MDA-MB-231-BR）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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