乳腺癌细胞中GADD45A的shRNA敲低数据集
其中每个细胞系各有2个样本来自GADD45A敲低组，另2个来自处理组。数据以原始序列读段形式提供，可用于分析GADD45A基因敲低对乳腺癌细胞转录组的影响，支持差异表达分析、基因功能研究及乳腺癌相关机制探索（来源 ncbi.nlm.nih.gov）
基本信息
资源简介
乳腺癌细胞中GADD45A的shRNA敲低数据集
PRJNA1428490 是一个聚焦于乳腺癌细胞中 GADD45A 基因敲低研究的 RNA-seq 数据集，收录于 NCBI 生物项目库，本站归类为肿瘤 / 乳腺癌方向。该数据集共包含 8 个 RNA-seq 样本，覆盖 T47D 与 MCF7 两种乳腺癌细胞系，每个细胞系中各有 2 个样本来自 GADD45A 敲低组，另 2 个样本来自处理组。数据以原始序列读段（Raw sequence reads）形式提供，可用于分析 GADD45A 基因敲低对乳腺癌细胞转录组的影响，并支持差异表达分析、基因功能研究以及乳腺癌相关机制探索。整体而言，该数据集为研究 GADD45A 在乳腺癌细胞中的功能提供了转录组层面的原始测序资源。
【数据集背景】
GADD45A 是细胞应激反应与生长抑制相关的重要基因，在肿瘤发生发展、DNA 损伤修复及细胞周期调控等过程中受到广泛关注。乳腺癌作为异质性较强的恶性肿瘤，其分子机制研究依赖于可靠的转录组数据。该数据集以 T47D 和 MCF7 两种常用乳腺癌细胞系为研究对象，通过 shRNA 敲低 GADD45A，并结合处理组样本，构建了可用于比较分析的 RNA-seq 数据资源。本站将其归类为肿瘤 / 乳腺癌，主题标签为原始序列读段，说明该数据集的核心价值在于提供未经加工的测序读段，供后续生物信息学分析使用。
【数据内容】
该生物项目包含 8 个 RNA-seq 样本。具体而言，T47D 细胞系有 2 个样本来自 GADD45A 敲低组，2 个样本来自处理组；MCF7 细胞系同样有 2 个样本来自 GADD45A 敲低组，2 个样本来自处理组。数据以原始序列读段形式提供，属于 RNA-seq 原始数据层级。每个细胞系内部均设置了敲低组与处理组的对照结构，便于研究者围绕 GADD45A 敲低效应开展组间比较。除上述样本数量与分组信息外，源站未提供更详细的文库构建方式、测序平台、读长配置或处理组的具体处理条件。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 生物项目库中的条目，项目英文名称为 PRJNA1428490: shRNA knockdown of GADD45A in breast cancer cells。源站描述指出，该生物项目包含 8 个 RNA-seq 样本，分别来自 T47D 与 MCF7 两种乳腺癌细胞系，且每个细胞系均包含 GADD45A 敲低组与处理组各 2 个样本。数据主题标签为原始序列读段。除来源站与项目名称外，源站未提供样本采集时间、地点、伦理审批信息或具体实验操作流程。
【适用场景】
基于该数据集的分组设计，其适用场景包括：分析 GADD45A 基因敲低对乳腺癌细胞转录组的影响；在 T47D 和 MCF7 两种细胞系中开展差异表达分析；围绕 GADD45A 的基因功能研究；以及乳腺癌相关分子机制的探索。由于数据以原始序列读段形式提供，研究者可根据自身分析流程进行质控、比对、定量与下游统计。该数据集尤其适合需要原始读段以自定义处理管线的转录组研究，也可用于比较两种细胞系对 GADD45A 敲低响应的异同。源站未提供该数据集在其他特定研究场景中的使用说明。
【使用方法】
使用该数据集时，通常需要先从 NCBI 生物项目库获取原始序列读段，然后按照 RNA-seq 标准分析流程进行质量控制、读段比对、转录本或基因水平定量，并在此基础上开展敲低组与处理组之间的差异表达分析。由于每个细胞系均包含 GADD45A 敲低组与处理组各 2 个样本，分析时可在细胞系内部进行组间比较，也可视研究目的对两种细胞系的结果进行整合或对比。具体比对参考基因组版本、注释文件、标准化方法及统计模型需由使用者根据研究设计自行确定。源站未提供推荐的分析流程、软件参数或代码示例。
【质量与限制】
该数据集共包含 8 个 RNA-seq 样本，每个细胞系中敲低组与处理组各 2 个样本，样本量相对有限，可能影响差异表达分析的统计效力。数据以原始序列读段形式提供，尚未经过统一的下游处理，其质量取决于原始测序数据本身。源站未提供测序深度、读长、碱基质量、重复性评估或批次信息，因此无法在本描述中对其数据质量作出具体判断。此外，源站未提供处理组的具体处理内容、敲低效率验证信息以及细胞培养或建库细节，这些限制可能影响结果解释的完整性。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目英文名称为 PRJNA1428490: shRNA knockdown of GADD45A in breast cancer cells。源站未提供具体的引用文献、作者列表、贡献者信息或数据许可条款。使用者在引用或再利用该数据集时，应直接访问 NCBI 生物项目库对应条目，以获取最新的引用要求与使用许可说明。源站未提供其他关于版权、数据共享协议或商业使用限制的信息。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1428490
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该生物项目包含8个RNA-seq样本的数据（T47D：2个来自GADD45A敲低组，2个来自处理组；MCF7：2个来自GADD45A敲低组，2个来自处理组）
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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