PRJNA1424373:舞蹈干预对肥胖乳腺癌患者肠道微生物组的响应

该数据集来自 NCBI,研究肥胖乳腺癌患者的肠道微生物组组成,并评估为期 12 周的舞蹈干预对微生物群落结构的影响。研究包含两部分:肥胖乳腺癌患者、肥胖非癌症对照与健康对照的横断面观察比较,以及针对肥胖乳腺癌患者的随机对照试验

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1424373: Gut microbiome response to dance intervention in breast cancer patients with obesity

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

PRJNA1424373:舞蹈干预对肥胖乳腺癌患者肠道微生物组的响应

该数据集来自 NCBI,聚焦于肥胖乳腺癌患者肠道微生物组的组成特征,并评估为期 12 周的舞蹈干预对微生物群落结构的影响。研究设计包含两部分:一是横断面观察比较,纳入肥胖乳腺癌患者、肥胖非癌症对照与健康对照;二是针对肥胖乳腺癌患者的随机对照试验。粪便样本在干预前后采集,采用靶向 V3-V4 区的 16S rRNA 基因测序进行分析。项目旨在刻画肠道微生物多样性与分类组成,并探讨其与身体活动、代谢健康及临床结局之间的关系,为理解运动相关的肠道微生物组变化在乳腺癌幸存者中的表现提供数据基础。

【数据集背景】

乳腺癌是常见的恶性肿瘤之一,肥胖作为重要的代谢与内分泌因素,可能影响患者的整体健康状态与疾病进程。近年来,肠道微生物组被视为连接宿主代谢、免疫与运动干预的重要中介,其在肿瘤患者中的变化逐渐受到关注。该数据集所依托的项目正是围绕肥胖乳腺癌患者这一特定人群,探索其肠道微生物组的组成特征,并进一步考察舞蹈这种有氧运动形式作为干预手段,对微生物群落结构可能产生的影响。研究同时设置非癌症肥胖对照与健康对照,以增强对肥胖与癌症双重因素下微生物组特征的辨识能力。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,即原始测序读长数据。数据来源于对粪便样本的 16S rRNA 基因测序,测序靶向 V3-V4 高变区。样本采集时间点覆盖干预前与干预后,以支持对微生物群落结构变化的纵向比较。研究涉及三类人群:肥胖乳腺癌患者、肥胖非癌症对照以及健康对照,其中肥胖乳腺癌患者还参与随机对照试验。数据可用于分析肠道微生物的多样性与分类学组成,并进一步关联身体活动、代谢健康与临床结局等指标。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI,源站为 ncbi.nlm.nih.gov。样本类型为粪便样本,采集时间包括干预前和干预后。测序方法为 16S rRNA 基因测序,目标区域为 V3-V4 区。研究包含横断面观察比较与随机对照试验两种设计,干预持续时间为 12 周,干预方式为舞蹈。其余关于样本采集流程、测序平台、试剂与具体操作步骤的信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肠道微生物组与肿瘤、肥胖及运动干预相关的研究场景。具体而言,可用于分析肥胖乳腺癌患者肠道微生物多样性与分类组成,比较其与肥胖非癌症对照及健康对照之间的差异;也可用于评估 12 周舞蹈干预前后微生物群落结构的变化,并探索微生物特征与身体活动、代谢健康及临床结局之间的关联。此外,该数据可为乳腺癌幸存者运动相关微生物组研究提供参考,也可用于方法学比较或作为同类研究的对照数据。

【使用方法】

使用者可基于原始测序读长数据,按照 16S rRNA 基因测序的标准分析流程进行处理,包括质控、去噪或聚类、物种注释、多样性分析及差异丰度分析等。由于数据涉及干预前后两个时间点以及多组人群,分析时可考虑分组比较与纵向变化评估。具体分析软件、参数与流程需结合研究目的自行确定。源站未提供关于数据下载、预处理或推荐分析管道的进一步说明。

【质量与限制】

该数据集为原始测序读长,未提供经过加工的分析结果或统计结论。研究样本来自特定人群,即肥胖乳腺癌患者、肥胖非癌症对照与健康对照,其结论外推至其他人群时需谨慎。干预措施为舞蹈,干预周期为 12 周,其他运动形式或不同干预时长的效果尚不明确。此外,源站未提供样本量、测序深度、批次信息及潜在混杂因素控制等细节,使用者在解释结果时需考虑这些限制。

【引用与许可】

源站未提供引用格式与许可信息。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1424373

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目研究肥胖乳腺癌患者的肠道微生物组组成,并评估为期12周的舞蹈干预对微生物群落结构的影响。研究包括对肥胖乳腺癌患者、肥胖非癌症对照者和健康对照者的横断面观察性比较,以及针对肥胖乳腺癌患者的随机对照试验。在干预前后收集粪便样本,并采用针对V3-V4区的16S rRNA基因测序进行分析。本项目旨在表征与身体活动、代谢健康和临床结局相关的肠道微生物多样性和分类学组成。这些数据有助于深入了解乳腺癌幸存者中与运动相关的肠道微生物组变化。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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