PRJNA1422844：三阴性乳腺癌 RNA 测序
该数据集来自 NCBI，为三阴性乳腺癌（TNBC）RNA 测序数据，属于肿瘤/乳腺癌分类。样本为前瞻性采集的 50 例临床 II-III 期 TNBC 患者的新鲜肿瘤活检组织，TNBC 定义为 ER、PR 和 HER2 均为阴性
基本信息
资源简介
PRJNA1422844：三阴性乳腺癌 RNA 测序
PRJNA1422844 是一个聚焦三阴性乳腺癌（Triple-negative breast cancer，TNBC）的 RNA 测序数据集，来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），在分类上归属于肿瘤 / 乳腺癌方向。该数据集的核心样本为前瞻性采集的 50 例临床 II-III 期 TNBC 患者的新鲜肿瘤活检组织，其中 TNBC 按 ER、PR 和 HER2 均为阴性进行界定。数据主题标签为原始测序读段（Raw sequence reads），可用于围绕 TNBC 转录组特征开展分析。整体而言，该数据集提供了来自临床 II-III 期 TNBC 患者肿瘤组织的 RNA 测序资源，适合用于探索 TNBC 的基因表达特征及相关研究。
【数据集背景】
三阴性乳腺癌（TNBC）通常以雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体 2（HER2）均为阴性为界定标准。该数据集所纳入的样本来自临床 II-III 期 TNBC 患者，属于肿瘤 / 乳腺癌研究范畴。数据集英文名为 PRJNA1422844: Triple-negative breast cancer RNA sequencing，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其主题标签为 Raw sequence reads，表明数据以原始测序读段的形式提供。该数据集围绕 TNBC 的 RNA 测序展开，旨在为 TNBC 相关转录组研究提供样本与测序数据基础。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，即原始序列读段。源站描述中明确，样本为新鲜肿瘤活检组织，并用于 RNA 提取。数据集的英文名称表明其为三阴性乳腺癌 RNA 测序数据。关于测序平台、读长、测序深度、数据量、文件格式、样本分组、表达矩阵或变异信息等具体内容，源站未提供。
【采集与来源】
根据源站描述，新鲜肿瘤活检组织来自 50 例被诊断为临床 II-III 期 TNBC 的患者，TNBC 定义为 ER、PR 和 HER2 均为阴性。样本采集为前瞻性获取。组织处理流程包括：冷冻组织样本先用冷磷酸盐缓冲液（cold phosphate-buffered saline）洗涤，随后在液氮中速冻，并使用 cryoPREP Tissue Disruption system 进行粉碎。组织粉末分装后用于 RNA 提取。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于患者的具体入组标准、伦理审批信息、知情同意细节、样本采集时间跨度、随访信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与三阴性乳腺癌相关的 RNA 测序研究场景。由于样本来自临床 II-III 期 TNBC 患者的新鲜肿瘤活检组织，并进行了 RNA 提取与测序，可用于转录组层面的探索性分析。主题标签为 Raw sequence reads，说明其可作为原始读段资源，供后续比对、定量及表达分析等流程使用。关于具体的适用分析类型、可回答的生物学问题、是否适合特定亚型分析或临床关联研究等，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 Raw sequence reads 形式提供，使用时可从 NCBI 来源站获取原始测序读段，并依据常规 RNA 测序分析流程进行处理。由于源站描述中仅说明组织经冷磷酸盐缓冲液洗涤、液氮速冻、cryoPREP Tissue Disruption system 粉碎后用于 RNA 提取，未提供具体的建库方法、测序平台、读长模式或分析参数。关于推荐使用的软件、参考基因组版本、标准化方法、质量控制阈值等，源站未提供。
【质量与限制】
源站描述提及样本来自 50 例临床 II-III 期 TNBC 患者，并采用前瞻性采集的新鲜肿瘤活检组织，组织经冷磷酸盐缓冲液洗涤、液氮速冻和 cryoPREP Tissue Disruption system 粉碎后用于 RNA 提取。这些信息说明了样本采集与处理的基本方式。关于测序质量、覆盖度、重复性、批次效应、样本完整性、临床信息完整程度、数据缺失情况等质量与限制相关内容，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，英文名为 PRJNA1422844: Triple-negative breast cancer RNA sequencing。关于具体的引用方式、作者列表、发表文献、数据许可条款、使用限制或授权要求等，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1422844
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
前瞻性获取了50例诊断为临床II-III期TNBC（定义为ER-、PR-和HER2阴性）患者的新鲜肿瘤活检样本。简而言之，将冷冻组织样本用冷磷酸盐缓冲液洗涤，在液氮中速冻，并使用cryoPREP组织破碎系统粉碎。组织粉末等分试样用于RNA提取。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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