小鼠皮下EO771肿瘤单细胞RNA测序研究NEDD8缺失与抗PD-1协同效应
该数据集来自ncbi.nlm.nih.gov，为小鼠皮下EO771乳腺癌模型的10X Flex单细胞RNA测序数据，用于研究肿瘤细胞中NEDD8缺失与抗PD-1治疗的协同效应
基本信息
资源简介
小鼠皮下EO771肿瘤单细胞RNA测序研究NEDD8缺失与抗PD-1协同效应
该数据集为来自 ncbi.nlm.nih.gov 的小鼠皮下 EO771 乳腺癌模型单细胞 RNA 测序数据，英文名称为 PRJNA1419176: Single-cell RNA sequencing of mouse subcutaneous EO771 tumors to study synergistic effects of NEDD8 depletion and anti-PD-1 therapy。研究围绕肿瘤细胞中 NEDD8 缺失与抗 PD-1 治疗之间的协同效应展开，采用 10X Flex 单细胞 RNA 测序技术，对小鼠肿瘤样本进行测序，以探究可能解释该治疗结果的肿瘤内在变化与免疫微环境改变。数据集归类于肿瘤 / 乳腺癌，主题标签为 Raw sequence reads，可为乳腺癌免疫治疗联合靶向 NEDD8 相关研究提供单细胞层面的原始测序数据资源。
【数据集背景】
该数据集所依托的研究已建立如下表型：在小鼠 EO771 皮下肿瘤模型中，肿瘤细胞中 NEDD8 的缺失与抗 PD-1 治疗具有协同效应。为深入理解这一协同效应背后的机制，研究者开展了本项单细胞 RNA 测序研究，旨在从肿瘤内在因素和免疫环境两个层面，寻找能够解释治疗结果的变化。研究使用野生型或 NEDD8 敲除的 EO771 乳腺癌细胞系，构建小鼠皮下肿瘤模型，并在此基础上比较抗 PD-1 治疗与对照治疗之间的差异。该背景信息明确了数据集的核心科学问题，即 NEDD8 缺失如何与抗 PD-1 治疗产生协同作用，以及这种协同作用在肿瘤细胞和免疫微环境中对应的单细胞转录组特征。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，即原始序列读段。数据来源于对小鼠肿瘤样本进行的 10X Flex 单细胞 RNA 测序。实验共涉及 16 只小鼠，每组 4 只。小鼠皮下注射野生型或 NEDD8 敲除的 EO771 乳腺癌细胞系，随后在肿瘤建立后每三天接受一次腹腔注射抗 PD-1 治疗或 IgG2a 对照治疗。肿瘤在癌细胞注射后第 19 天、末次抗 PD-1 治疗后三天收集，并用于单细胞 RNA 测序。因此，数据集包含来自不同处理组小鼠肿瘤样本的单细胞转录组原始测序读段，可用于后续分析肿瘤细胞与免疫细胞在 NEDD8 缺失和抗 PD-1 治疗条件下的表达变化。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。样本采集与实验流程为：使用 WT 或 NEDD8 KO EO771 乳腺癌细胞系皮下注射小鼠，建立皮下肿瘤模型；肿瘤建立后，每三天进行一次腹腔注射抗 PD-1 治疗或 IgG2a 对照治疗；在癌细胞注射后第 19 天、末次抗 PD-1 治疗后三天收集肿瘤样本；随后对肿瘤样本进行 10X Flex 单细胞 RNA 测序。实验共使用 16 只小鼠，每组 4 只。以上信息描述了样本来源、处理方式、时间节点和测序平台，未涉及的其他采集细节源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究小鼠皮下 EO771 乳腺癌模型中 NEDD8 缺失与抗 PD-1 治疗的协同效应。具体而言，可用于分析肿瘤细胞内在变化以及免疫环境改变，探索可能解释治疗结果的单细胞转录组机制。由于数据为原始序列读段，适合具备单细胞 RNA 测序数据处理能力的用户进行后续的比对、定量、细胞分群、差异表达和细胞类型注释等分析。该数据集也可用于乳腺癌免疫治疗联合靶向 NEDD8 相关通路的比较研究，但具体分析方向需结合实验设计中的分组信息，即野生型与 NEDD8 敲除、抗 PD-1 与 IgG2a 对照之间的比较。
【使用方法】
该数据集以 Raw sequence reads 形式提供，使用前通常需要进行单细胞 RNA 测序标准流程处理，包括读段质控、比对、表达定量和细胞水平表达矩阵构建等。由于实验设计包含 16 只小鼠、每组 4 只，并涉及 WT 与 NEDD8 KO、抗 PD-1 与 IgG2a 对照的组合，分析时应依据分组信息进行样本拆分和比较。10X Flex 单细胞 RNA 测序数据的处理方式可参考相应平台的标准分析流程。关于数据下载方式、文件格式、参考基因组版本、具体分析软件和参数等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为 Raw sequence reads，属于原始测序读段。实验设计明确为 16 只小鼠、每组 4 只，肿瘤在注射后第 19 天、末次抗 PD-1 治疗后三天收集。关于测序深度、细胞数、读段质量、批次效应、数据完整性等具体质量指标，源站未提供。该数据集基于小鼠 EO771 皮下肿瘤模型，研究结论向其他乳腺癌模型或人类临床场景的外推需谨慎。其他限制信息源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为 PRJNA1419176: Single-cell RNA sequencing of mouse subcutaneous EO771 tumors to study synergistic effects of NEDD8 depletion and anti-PD-1 therapy。关于具体的引用文献、作者列表、许可协议和使用条款，源站未提供。
下载信息
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1419176
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们已经确定了在小鼠EO771皮下肿瘤模型中，肿瘤细胞中NEDD8的缺失与抗PD1治疗具有协同效应的表型。在本研究中，我们对小鼠肿瘤样本进行了10X Flex单细胞RNA测序，以研究可能解释这一结果的肿瘤内在及免疫环境变化。将16只小鼠（每组4只）皮下注射WT或NEDD8 KO EO771乳腺癌细胞系，随后在肿瘤建立后每三天腹腔注射抗PD1治疗或IgG2a对照治疗。在注射癌细胞后第19天及最后一次抗PD1治疗后三天收集肿瘤用于scRNAseq。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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数据缺失？
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