PRJNA1412533：小分子MBD2通路抑制剂KCC-07抑制乳腺癌细胞适应性
该数据集来自NCBI，属于肿瘤/乳腺癌领域，主题标签为Raw sequence reads。研究通过小分子抑制剂KCC-07药理抑制MBD2（一种调控癌细胞基因表达的DNA甲基化阅读器），利用RNA测序分析基因表达变化，并在乳腺癌细胞系和小鼠模型中评估功能结果，以理解靶向MBD2如何影响肿瘤细胞增殖
基本信息
资源简介
PRJNA1412533：小分子MBD2通路抑制剂KCC-07抑制乳腺癌细胞适应性
PRJNA1412533 数据集围绕小分子 MBD2 通路抑制剂 KCC-07 对乳腺癌细胞适应性的抑制作用展开，属于肿瘤/乳腺癌研究领域，来源为 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。该研究的核心目标是探究药理学抑制 MBD2 所产生的效应。MBD2 是一种 DNA 甲基化阅读器，在癌细胞中参与调控基因表达。研究通过 RNA 测序分析基因表达变化，并在乳腺癌细胞系和小鼠模型中评估功能结果，以理解靶向 MBD2 如何影响肿瘤细胞的增殖、存活和侵袭性。数据集的主题标签为 Raw sequence reads，即原始序列读长，属于测序原始数据层面。
【数据集背景】
MBD2 是一种能够识别 DNA 甲基化并参与基因表达调控的阅读器蛋白，在癌细胞中具有调控基因表达的作用。本研究旨在通过小分子抑制剂 KCC-07 对 MBD2 进行药理学抑制，从而观察其对乳腺癌细胞的影响。研究关注的生物学问题包括：抑制 MBD2 后基因表达谱如何变化，以及这种抑制在功能层面对肿瘤细胞增殖、存活和侵袭性产生何种影响。研究同时采用乳腺癌细胞系和小鼠模型作为实验体系，以从体外和体内两个层面评估靶向 MBD2 的效果。该数据集即产生于这一研究背景之下，属于肿瘤/乳腺癌方向的基础研究数据。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，表明其内容为原始测序读长数据。结合研究目标可知，这些原始序列读长来自 RNA 测序实验，用于分析基因表达变化。研究通过 RNA 测序获取转录组层面的表达信息，以比较在 KCC-07 处理条件下与对照条件下的基因表达差异。除测序数据外，研究还涉及在乳腺癌细胞系和小鼠模型中评估的功能结果，但数据集中具体包含哪些样本、多少条读长、覆盖哪些细胞系或动物模型等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。数据集英文名称为“PRJNA1412533: Small molecule MBD2 pathway inhibitor KCC-07 suppresses breast cancer cell fitness”。研究通过 RNA 测序获取基因表达数据，并在乳腺癌细胞系和小鼠模型中开展功能评估。关于具体的测序平台、建库方法、样本采集流程、细胞系名称、小鼠模型品系以及实验重复次数等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤/乳腺癌相关研究，尤其是围绕 MBD2 这一 DNA 甲基化阅读器及其药理学抑制的探索。潜在应用场景包括：分析 KCC-07 处理引起的基因表达变化，研究 MBD2 抑制对肿瘤细胞增殖、存活和侵袭性的影响，以及将 RNA 测序结果与细胞系和小鼠模型中的功能表型进行关联分析。此外，该数据集也可用于与 DNA 甲基化阅读器相关通路、表观遗传调控以及小分子抑制剂机制研究相关的分析工作。关于数据的具体适用分析流程或推荐工具，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 Raw sequence reads 形式提供，使用者通常需要先对原始读长进行质量控制、比对和表达定量等处理，才能获得基因表达层面的信息。由于研究涉及 RNA 测序分析基因表达变化，使用者可将处理后的表达数据用于差异表达分析，并结合乳腺癌细胞系和小鼠模型中的功能结果进行解读。关于具体的分析步骤、参考基因组版本、标准化方法或软件参数，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI，属于公开数据库中的项目数据。其主题标签为 Raw sequence reads，意味着提供的是未经处理的原始序列读长，使用前需要自行完成质控与下游分析。关于数据质量指标（如测序深度、读长、碱基质量、重复性等）以及样本量、批次效应等限制因素，源站未提供。使用者应注意，该数据集仅覆盖 RNA 测序原始读长及相关研究背景，是否包含完整的临床注释或功能验证数据，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为“PRJNA1412533: Small molecule MBD2 pathway inhibitor KCC-07 suppresses breast cancer cell fitness”。关于具体的引用格式、作者列表、发表文献以及数据使用许可条款，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时，应直接访问 NCBI 对应项目页面获取最新的引用与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1412533
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究的目的是探究通过小分子抑制剂KCC-07药理抑制MBD2（一种调节癌细胞基因表达的DNA甲基化阅读器）的效果。通过RNA测序分析基因表达变化，并评估乳腺癌细胞系和小鼠模型中的功能结果，该研究旨在理解靶向MBD2如何影响肿瘤细胞增殖、存活和侵袭性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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