PRJNA1365866：全基因组体内CRISPR筛选鉴定CMTR2为三阴性乳腺癌转移强效抑制因子

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1365866

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数据说明

摘要

三阴性乳腺癌（TNBC）因其高转移潜能和缺乏靶向治疗手段，仍是致死率最高的乳腺癌亚型之一。尽管转移的致癌驱动因素已被广泛表征，但TNBC中的转移抑制基因（MSGs）仍知之甚少。在此，我们利用TNBC异种移植模型进行了一项无偏倚的体内全基因组CRISPR/Cas9功能缺失筛选，以系统性地鉴定转移进展的调控因子。该筛选发现了具有临床相关性的MSGs（VPS45、CMTR2、RBSN和NF2），其缺失显著增强了肺转移。功能与机制验证表明，敲除这些基因可促进上皮-间质转化、细胞迁移、侵袭、血管内渗和血管生成，而在临床前TNBC模型中通过CRISPR激活其内源性启动子则显著抑制了转移播散。

对患者数据集的多组学分析突显了这些基因在原发乳腺肿瘤中的下调，尤其是在TNBC中，并显示其与晚期阶段和较差生存率的一致相关性。值得注意的是，CMTR2缺失诱导了深刻的瘤内异质性和血管重塑，突显了其在调节肿瘤血管生成和循环肿瘤细胞播散中的关键作用。总体而言，在本研究中，我们鉴定了一个限制TNBC转移进展的MSGs网络，强调了体内CRISPR功能基因组学在揭示侵袭性乳腺癌治疗脆弱性方面的实用性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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