基本信息

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基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1355194：TPM3P9转录本uORF2周边RNA二级结构SHAPE-MaP分析

该数据集为 NCBI BioProject 收录的原始测序数据项目，英文名称为“PRJNA1355194: SHAPE-MaP analysis of the RNA secondary structure surrounding uORF2 in TPM3P9 transcript”，源站标题为“ID 1355194 - BioProject - NCBI”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。项目围绕 TPM3P9 转录本中 uORF2 区域附近的 RNA 二级结构开展 SHAPE-MaP 分析，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads）。本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向。整体而言，该数据集提供了可用于研究 TPM3P9 转录本 uORF2 区域 RNA 二级结构特征的原始测序数据，为乳腺癌相关转录调控与翻译机制研究提供数据支持。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 是围绕某一项单一研究计划、由单一机构或联合体产生的生物学数据的集合，其记录为用户提供一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种数据类型。本项目聚焦于 TPM3P9 转录本中 uORF2 附近的 RNA 二级结构，采用 SHAPE-MaP 方法进行分析。本站将该数据集归入肿瘤 / 乳腺癌分类，提示其与乳腺癌相关转录调控与翻译机制研究存在关联。关于该研究计划的具体发起机构、联合体组成、项目整体目标及立项背景，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读段。其内容对应 SHAPE-MaP 分析所产生的测序数据，用于研究 TPM3P9 转录本 uORF2 区域周围的 RNA 二级结构。SHAPE-MaP 是一种用于探测 RNA 二级结构的化学标记与突变分析相结合的方法，其原始测序读段可用于后续的结构建模与区域结构特征解析。除原始序列读段这一数据类型外，项目是否包含其他数据类型、具体样本数量、测序平台、读长、数据量及文件格式等信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1355194 - BioProject - NCBI”。项目通过 NCBI BioProject 记录进行组织与发布，BioProject 记录提供指向该项目所产生多种数据类型的链接入口。关于样本采集的具体组织来源、细胞系、处理条件、实验流程、建库方法及测序中心等采集与实验细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究 TPM3P9 转录本 uORF2 区域 RNA 二级结构特征，并为乳腺癌相关转录调控与翻译机制研究提供原始测序数据支持。其原始序列读段可用于 SHAPE-MaP 相关的 RNA 二级结构分析，帮助研究者考察 uORF2 附近区域的结构特征。由于本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，该数据也可能服务于乳腺癌背景下转录本结构与翻译调控关系的探索。关于该数据在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以原始序列读段的形式提供，可通过 NCBI BioProject 记录查找并链接到项目所产生的相关数据类型。使用者可依据 BioProject 入口获取该项目对应的数据资源，并围绕 TPM3P9 转录本 uORF2 区域的 RNA 二级结构开展 SHAPE-MaP 分析。关于具体的下载方式、数据处理流程、分析软件、参数设置及分析步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于围绕单一研究计划组织的生物学数据集合，其记录提供统一入口以查找项目产生的多种数据类型。主题标签为原始序列读段，表明数据以测序原始读段形式存在。关于数据质量评估指标、覆盖度、重复性、批次效应、样本量及潜在偏差等信息，源站未提供。使用者应结合项目记录中的可用信息自行判断数据适用性。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1355194 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制及授权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1355194

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1355194

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

采用基于引物延伸的选择性2’-羟基酰化分析及突变谱分析（SHAPE-MaP）方法，研究了TPM3P9转录本中uORF2及其侧翼序列周围的RNA二级结构。细胞用DMSO（对照）或1M7处理，以探测核苷酸的柔性。所得文库经条形码标记、混合，并在Illumina NovaSeq 6000平台上采用双端250 bp读长进行测序。该数据集旨在阐明uORF2周围的局部RNA结构特征如何影响骨转移性乳腺癌细胞中骨溶解素的翻译。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别