基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

HER2阴性转移性乳腺癌患者粪便宏基因组

PRJNA1222800 收录了一组来自 HER2 阴性转移性乳腺癌患者的粪便宏基因组数据。这些样本采集于 II 期 NIMBUS 试验的基线时间点，患者具有较高的肿瘤突变负荷（TMB >9mut/Mb），并接受 nivolumab（3 mg/kg，每两周一次）联合低剂量 ipilimumab（1 mg/kg，每6周一次）的治疗方案，治疗持续 2 年或直至疾病进展。该数据集属于肿瘤 / 乳腺癌分类，主题标签为原始序列读长（Raw sequence reads），来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，它为研究转移性乳腺癌患者在接受免疫联合治疗前的肠道微生物组组成提供了原始测序数据基础。

【数据集背景】

该数据集来源于一项名为 NIMBUS 的 II 期临床试验。试验关注的对象是 HER2 阴性转移性乳腺癌患者，并且这些患者的肿瘤突变负荷较高，具体为 TMB >9mut/Mb。在此背景下，研究采集了患者基线期的粪便样本，并对其进行宏基因组测序。基线期通常指患者尚未开始既定治疗或处于治疗开始前的状态，因此这批数据反映的是免疫治疗干预前的肠道微生物组状况。该数据集被归入肿瘤 / 乳腺癌类别，说明其应用领域与乳腺癌的临床研究密切相关。

【数据内容】

数据集的核心内容是粪便宏基因组，具体表现为原始序列读长（Raw sequence reads）。这意味着数据以测序产生的原始读长形式存在，而非经过拼接、注释或丰度计算后的衍生结果。样本来自 HER2 阴性转移性乳腺癌患者，且这些患者符合高肿瘤突变负荷（TMB >9mut/Mb）的条件。所有样本均在基线期采集。数据本身不包含临床结局、治疗响应或微生物分类学注释等信息，这些内容源站未提供。

【采集与来源】

样本采集自 II 期 NIMBUS 试验中的患者，采集时间为基线期。来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。患者的入组条件包括 HER2 阴性转移性乳腺癌以及高肿瘤突变负荷（TMB >9mut/Mb）。在采集样本时，患者尚未接受 nivolumab 与低剂量 ipilimumab 的联合治疗，或正处于该治疗方案开始前的基线阶段。治疗方案的具体内容为：nivolumab 3 mg/kg 每两周一次，ipilimumab 1 mg/kg 每6周一次，持续 2 年或直至疾病进展。关于样本采集的具体操作流程、保存条件、运输方式以及测序平台等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与 HER2 阴性转移性乳腺癌、高肿瘤突变负荷以及免疫联合治疗相关的微生物组研究。由于数据为基线期粪便宏基因组原始读长，潜在用途包括：分析治疗前肠道微生物组的组成与多样性；探索微生物组特征与肿瘤突变负荷之间的关联；作为接受 nivolumab 联合低剂量 ipilimumab 治疗患者队列的基线参照；以及与其他时间点或不同队列的宏基因组数据进行比较。此外，该数据集也可用于方法学开发，例如针对粪便宏基因组的预处理、拼接或分类注释流程的测试。但需注意，其适用范围受限于源站描述所界定的患者群体和试验背景。

【使用方法】

该数据集以原始序列读长形式提供，使用者通常需要自行完成质量控制、去接头、宿主序列过滤、拼接或直接分类注释等步骤。由于数据来自粪便宏基因组，分析时可能需要参考相应的微生物参考数据库。使用时应关注样本的基线属性，避免将其与治疗后的样本混淆。若需结合临床信息（如治疗响应、无进展生存期等），源站未提供此类字段，因此无法在本数据集内直接完成关联分析。使用者应依据 NCBI 来源站的相关页面获取下载方式与文件格式说明，并遵守其数据使用政策。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读长，未提供质量评分、测序深度、读长分布或污染评估等具体指标，源站未提供这些信息。样本量、患者数量、性别与年龄分布等也源站未提供。由于仅包含基线期样本，无法直接推断治疗过程中的微生物组动态变化。此外，患者群体限定为 HER2 阴性转移性乳腺癌且 TMB >9mut/Mb，因此结论外推至其他乳腺癌亚型或低 TMB 患者时需谨慎。数据未包含微生物分类学注释或功能注释，使用者需自行处理。所有未在源站描述中明确的信息，均无法从本数据集中获得。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体标识为 PRJNA1222800。关于引用方式、许可条款、数据使用协议以及是否允许再分发等细节，源站未提供。使用者在下载或使用该数据集前，应直接访问 NCBI 对应页面查阅最新的引用要求与许可声明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1222800

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1222800

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含II期NIMBUS试验中患者基线时采集的粪便宏基因组。患有HER2阴性转移性乳腺癌且肿瘤突变负荷高（TMB >9个突变/Mb）的患者接受纳武利尤单抗（3 mg/kg，每两周一次）和低剂量伊匹木单抗（1 mg/kg，每6周一次）治疗，持续2年或直至疾病进展。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别