PRJNA1175746:患者来源异种移植组织PIM-084经L-NMMA+alpelisib与对照处理的RNA测序分析

该数据集为NCBI BioProject收录的RNA测序分析项目,研究对象是患者来源异种移植组织PIM-084,比较L-NMMA联合alpelisib处理与vehicle对照条件下的转录组差异

sra
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基因组分类Phenotype or Genotype
PRJNA1175746: RNA sequencing analysis of patient derived xenograft tissue PIM-084 treated with L-NMMA+alpelisib vs vehicle control

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1175746:患者来源异种移植组织PIM-084经L-NMMA+alpelisib与对照处理的RNA测序分析

该数据集为NCBI BioProject收录的RNA测序分析项目,研究对象是患者来源异种移植组织PIM-084,比较L-NMMA联合alpelisib处理与vehicle对照条件下的转录组差异。项目归类于肿瘤/乳腺癌方向,主题标签为Phenotype or Genotype,来源站为ncbi.nlm.nih.gov。BioProject记录为用户提供单一入口,用以查找该项目所产生的多种数据类型及其相关链接。该数据集的核心价值在于围绕患者来源异种移植模型的药物联合处理与对照比较,提供转录组层面的测序分析资源,可用于探索联合用药对乳腺癌相关模型基因表达的影响。

【数据集背景】

该数据集来源于NCBI BioProject,源站标题为BioProject - NCBI。BioProject是一组与单一研究计划相关的生物学数据的集合,其来源可以是单一组织或联盟。BioProject记录为用户提供一个单一位置,以便找到为该计划生成的不同数据类型所对应的链接。本站将该数据集分类为肿瘤 / 乳腺癌,主题标签为Phenotype or Genotype。数据集英文名称为PRJNA1175746: RNA sequencing analysis of patient derived xenograft tissue PIM-084 treated with L-NMMA+alpelisib vs vehicle control,表明其研究背景聚焦于患者来源异种移植组织的RNA测序分析,并围绕L-NMMA联合alpelisib处理与vehicle对照之间的比较展开。

【数据内容】

该数据集的内容为RNA测序分析,研究对象是患者来源异种移植组织PIM-084。数据涉及的处理条件包括L-NMMA联合alpelisib处理,以及vehicle对照。其核心数据形式为转录组测序结果,用于比较处理组与对照组之间的差异。关于具体的样本数量、测序平台、读长、基因表达矩阵、差异表达基因列表、统计显著性指标等,源站未提供。该数据集的主题标签为Phenotype or Genotype,表明其数据可能涉及表型或基因型相关信息,但具体涉及哪些表型或基因型内容,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为BioProject - NCBI。作为BioProject记录,它汇集了与单一研究计划相关的生物学数据,并提供指向不同数据类型生成结果的链接。该项目的英文名称明确指向RNA测序分析,研究对象为患者来源异种移植组织PIM-084,处理条件为L-NMMA+alpelisib与vehicle对照的比较。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、患者来源信息、异种移植模型的构建细节、测序实验的具体流程等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤/乳腺癌相关研究,尤其是围绕患者来源异种移植模型的转录组分析。其适用场景包括:比较L-NMMA联合alpelisib处理与vehicle对照条件下PIM-084异种移植组织的基因表达差异;探索联合用药对乳腺癌相关模型转录组的影响;作为BioProject资源,用于查找与该研究计划相关的多种数据类型。此外,主题标签Phenotype or Genotype提示其可能用于表型或基因型关联分析。关于该数据集是否适用于临床决策、药物开发、生物标志物验证等具体应用,源站未提供明确说明。

【使用方法】

该数据集可通过NCBI BioProject记录进行访问,用户可利用BioProject提供的单一入口查找与该计划相关的不同数据类型及其链接。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具、参考基因组版本、标准化方法等,源站未提供。由于该数据集为RNA测序分析项目,通常需要结合转录组分析流程进行数据处理,但针对该项目的具体使用指南或推荐流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于NCBI BioProject,属于公共数据库收录的研究项目。关于数据质量的具体指标,如测序深度、覆盖度、重复性、批次效应、样本量、统计功效等,源站未提供。其限制可能包括:仅针对PIM-084这一患者来源异种移植组织,处理条件为L-NMMA+alpelisib与vehicle对照,结论的外推范围有限;具体实验设计、样本数量、测序平台等信息缺失,可能影响数据复用时的评估。其他潜在限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为BioProject - NCBI。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、数据共享政策等,源站未提供。用户在使用时应参考NCBI BioProject的相关政策以及该项目记录中可能提供的引用信息。由于源站未提供具体的引用格式和许可细节,建议直接访问该BioProject记录获取最新信息。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1175746

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含对载体对照组与L-NMMA+alpelisib治疗的化生性乳腺癌PDX PIM084肿瘤进行的RNA-seq分析(RNA测序及分析由Novogene完成)。所提交的数据包含基因ID、基因名称、对照组和联合治疗组所有样本的归一化读取计数、由DESeq2 R/EdgeR包得出的log2倍数变化、p值、校正p值、各组读取计数以及组内每个样本的基因FPKM。出于患者隐私考虑,我们仅向该存储库提交经过处理和去标识化的RNA测序分析结果。

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