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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1513097：胰腺癌化疗后癌症相关成纤维细胞神经重编程的配对患者生物样本纵向分析

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 1513097，英文名称为“Longitudinal Analysis of Matched Patient Biospecimens Reveals Neural Reprogramming of Cancer-Associated Fibroblasts Following Chemotherapy in Pancreatic Cancer”。从名称可以看出，该项目聚焦胰腺癌患者在接受化疗之后，癌症相关成纤维细胞是否发生神经重编程这一科学问题，并采用配对的患者生物样本进行纵向分析。项目在站内被归入肿瘤 / 其他分类，主题标签为“Phenotype or Genotype”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，这是一个以胰腺癌化疗为背景、以配对患者样本纵向追踪为设计思路、关注肿瘤微环境中成纤维细胞神经重编程现象的生物学项目记录。

【数据集背景】

胰腺癌是一种恶性程度较高的肿瘤，其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞在肿瘤进展和治疗反应中扮演重要角色。化疗作为胰腺癌治疗的重要手段之一，不仅作用于肿瘤细胞，也可能改变微环境中的细胞状态。该数据集所对应的项目，正是围绕“化疗后癌症相关成纤维细胞发生神经重编程”这一主题展开，试图通过对配对患者生物样本的纵向分析，观察治疗前后成纤维细胞的变化。项目主题标签为“Phenotype or Genotype”，提示其关注点可能涉及表型或基因型层面的特征。该项目的英文名称明确点出了“纵向分析”“配对患者生物样本”“神经重编程”“化疗”“胰腺癌”等关键要素，构成了数据集的核心背景。

【数据内容】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 1513097。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式，用于汇集与某一项研究计划相关的多种类型生物学数据，这些数据来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一的入口，以便找到该项目所产生的不同数据类型。就本数据集而言，其内容围绕胰腺癌患者化疗后癌症相关成纤维细胞的神经重编程，基于配对的患者生物样本进行纵向分析。站内分类为“肿瘤 / 其他”，主题标签为“Phenotype or Genotype”。除上述信息外，关于具体样本数量、测序平台、数据文件类型、基因表达谱或分析结果等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的一条项目记录，项目 ID 为 1513097。项目英文名称表明，其研究材料为配对的患者生物样本，研究设计为纵向分析，研究对象为接受化疗的胰腺癌患者，研究焦点为癌症相关成纤维细胞的神经重编程。BioProject 作为项目层面的记录，通常用于关联同一研究计划下产生的多种数据。关于样本采集的具体时间点、采集机构、患者入组标准、样本处理流程、伦理审批信息以及数据提交单位等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与胰腺癌化疗后肿瘤微环境变化相关的研究场景，尤其是关注癌症相关成纤维细胞神经重编程的课题。由于项目采用配对患者生物样本的纵向分析设计，可用于探索化疗前后同一患者样本中成纤维细胞状态的变化。主题标签“Phenotype or Genotype”提示其可能适用于表型或基因型层面的分析。此外，该记录可作为 BioProject 项目入口，帮助研究者定位该项目关联的多种数据类型。关于具体可支持的分析方法、可回答的科学问题范围以及是否适用于临床转化研究等，源站未提供。

【使用方法】

该数据集为 NCBI BioProject 记录，用户可通过来源站 ncbi.nlm.nih.gov 访问项目 ID 1513097 对应的页面。BioProject 记录的设计目的是为用户提供一个统一位置，以查找该项目产生的不同数据类型。因此，使用该数据集时，可先通过 BioProject 记录了解项目概况，再沿记录中的链接获取相关数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、访问权限以及是否需要申请等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于项目层面的记录。其英文名称和主题标签提供了研究方向与关注点，但项目记录本身并不等同于完整的实验数据或分析结果。当前可确认的信息包括项目编号、英文名称、来源站、站内分类、主题标签以及围绕胰腺癌化疗后成纤维细胞神经重编程的纵向配对样本分析这一主题。关于样本量、数据完整性、测序深度、质控指标、批次效应、统计效力以及潜在偏倚等质量相关细节，源站未提供。因此，在使用时需注意项目记录与具体数据之间的区别，并依据源站实际提供的内容进行评估。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，项目 ID 为 1513097。关于该数据集的引用格式、许可条款、使用限制、数据共享政策以及是否需要获得授权等信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1513097

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1513097

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胰腺导管腺癌（PDAC）是一种具有复杂肿瘤微环境的致命性疾病。为了解化疗诱导的微环境变化，我们检测了配对的治疗前和治疗后患者组织标本，发现治疗后癌症相关成纤维细胞中轴突导向基因几乎普遍富集。在此，我们保存了5例患者纵向采集样本的原始单细胞RNA测序数据。此外，针对我们研究中的体外工作，我们还包括了3例患者来源成纤维细胞系（未处理及体外吉西他滨处理120小时，技术重复三次）的原始bulk RNA测序数据，以及2例患者来源PDAC类器官系的原始bulk RNA测序数据……（更多内容见dbGaP研究页面。）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别