PRJNA1175745：L-NMMA+alpelisib 与对照处理的 PDX 组织 PIM-084 RNA 测序分析

资源简介

PRJNA1175745：L-NMMA+alpelisib 与对照处理的 PDX 组织 PIM-084 RNA 测序分析

该数据集名为 PRJNA1175745，主题为 RNA 测序分析，研究对象是患者来源异种移植（PDX）组织 PIM-084，比较的是 L-NMMA+alpelisib 联合处理与 vehicle 对照之间的转录组差异。数据集归属于肿瘤 / 乳腺癌方向，来源于 ncbi.nlm.nih.gov。根据源站描述，该数据聚焦于化生性乳腺癌 PDX PIM084 肿瘤，在 vehicle 对照组与 L-NMMA+alpelisib 处理组之间开展 RNA-seq 分析，测序与分析工作由 Novogene 完成。由于患者隐私保护原因，提交至公共库的仅为经过处理和脱敏的 RNA 测序分析结果，而非原始测序数据。整体而言，该数据集可用于了解联合用药对特定乳腺癌 PDX 模型基因表达谱的影响。

【数据集背景】

该数据集围绕化生性乳腺癌展开。化生性乳腺癌是乳腺癌中一种具有独特病理特征的亚型，而患者来源异种移植模型能够在体内环境中保留部分患者肿瘤的生物学特性，因此常被用于药物反应与耐药机制研究。本数据集所涉及的 PDX 模型为 PIM084，处理方案为 L-NMMA 与 alpelisib 联合用药，对照方案为 vehicle。源站描述指出，该 RNA-seq 分析旨在比较 vehicle 对照组与 L-NMMA+alpelisib 处理组之间的基因表达差异。RNA 测序及后续分析由 Novogene 完成。关于该 PDX 模型的建立细节、患者临床背景、用药剂量、处理时长及实验重复数等信息，源站未提供。

【数据内容】

根据源站描述，提交的数据包含基因 ID、基因名称、来自对照组和联合处理组所有样本的归一化 read counts、基于 DESeq2 R/EdgeR 包计算得到的 log2-fold change、p 值、校正后 p 值、各组 read counts，以及组内每个样本的基因 FPKM。这些内容覆盖了从表达定量到差异分析的主要结果类型，可用于查看特定基因在两组之间的表达变化方向、统计显著性以及样本层面的表达水平。由于患者隐私原因，提交至该库的仅为经过处理和脱敏的 RNA 测序分析结果。关于原始 fastq 数据、比对文件、具体样本数量、测序深度、读长、参考基因组版本等信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名称为 PRJNA1175745: RNA sequencing analysis of patient derived xenograft tissue PIM-084 treated with L-NMMA+alpelisib vs vehicle control。源站描述明确说明，RNA 测序与分析由 Novogene 完成，分析对象为 vehicle 对照与 L-NMMA+alpelisib 处理的化生性乳腺癌 PDX PIM084 肿瘤。数据提交时仅包含经过处理和脱敏的 RNA 测序分析结果，以保护患者隐私。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、患者知情同意细节以及原始数据处理流程的具体步骤，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与化生性乳腺癌 PDX 模型相关的转录组分析场景。例如，可围绕 L-NMMA+alpelisib 联合处理与 vehicle 对照之间的差异表达基因进行筛选、通路富集分析或候选生物标志物探索；也可用于比较不同统计方法（如 DESeq2 与 EdgeR）所得差异分析结果的一致性。由于数据包含归一化 read counts、log2-fold change、p 值、校正后 p 值、各组 read counts 以及各样本 FPKM，使用者可以在基因水平上开展表达变化评估。需要说明的是，该数据集仅包含经过处理和脱敏的分析结果，因此不适用于需要原始测序 reads 或原始比对文件的分析场景。关于该数据集是否适用于临床决策、药物靶点验证或转化医学结论，源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时，可依据基因 ID 与基因名称进行基因注释和结果匹配，利用归一化 read counts 或 FPKM 评估基因表达水平，利用 log2-fold change 判断表达变化方向，并结合 p 值与校正后 p 值评估差异表达的统计显著性。由于数据中同时提供了对照组与联合处理组各组的 read counts，以及组内每个样本的 FPKM，使用者可在样本层面观察表达分布，也可在组间层面进行差异比较。若需复现或比较差异分析结果，可参考源站描述中提到的 DESeq2 R/EdgeR 包所得 log2-fold change、p 值和校正后 p 值。关于具体分析参数、阈值设定、代码流程、标准化方法细节以及是否提供配套元数据表，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的一个明确限制是，由于患者隐私原因，仅提交了经过处理和脱敏的 RNA 测序分析结果，未提交原始测序数据。因此，使用者无法从原始 reads 开始重新进行比对、定量或完整的质量控制。此外，源站描述未提供样本数量、测序深度、读长、参考基因组版本、实验重复数、处理剂量与时长等关键实验细节，这些信息的缺失可能影响对数据集的全面评估与独立重复。关于数据质量评分、批次效应、离群样本、缺失值处理以及统计模型假设是否满足等信息，源站未提供。使用者应结合自身分析目的，谨慎解释基于该数据集得出的结论。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为 PRJNA1175745: RNA sequencing analysis of patient derived xenograft tissue PIM-084 treated with L-NMMA+alpelisib vs vehicle control。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制、是否允许再分发以及商业用途规定，源站未提供。使用者在利用该数据集时，应自行查阅来源站的相关政策与说明，并遵守数据提供方关于患者隐私保护与数据使用的相关要求。