PRJNA1003661：正常乳腺组织含有罕见的非整倍体上皮细胞群体
该数据集来自 NCBI，属于肿瘤/乳腺癌分类。研究采用高通量单细胞 DNA 测序（scDNA-seq）对 31 名无病女性乳腺组织中分离的 55,321 个上皮细胞进行拷贝数变异分析，并对 3 名在 scDNA-seq 中检测到非整倍体细胞的女性进行空间转录组（Visium 10X Genomics
基本信息
资源简介
PRJNA1003661：正常乳腺组织含有罕见的非整倍体上皮细胞群体
PRJNA1003661 数据集聚焦于正常乳腺组织中存在的罕见非整倍体上皮细胞群体，属于肿瘤/乳腺癌研究范畴，来源于 NCBI。该研究采用高通量单细胞 DNA 测序（scDNA-seq）技术，对来自 31 名无病女性乳腺组织的 55,321 个上皮细胞进行了拷贝数变异分析，以刻画正常乳腺组织中的基因组异常情况。此外，研究还对 3 名在 scDNA-seq 中检测到非整倍体细胞的女性进行了空间转录组（Visium 10X Genomics）分析，以解析这些非整倍体上皮细胞在其原生乳腺组织背景下的空间组织方式。该数据集的主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads），为探索正常乳腺组织中罕见非整倍体细胞的存在及其空间分布提供了数据基础。
【数据集背景】
乳腺癌是严重威胁女性健康的恶性肿瘤之一，其发生发展往往伴随着基因组拷贝数变异等遗传学改变。然而，在正常乳腺组织中，是否存在具有非整倍体特征的上皮细胞群体，以及这些细胞如何分布，仍是理解乳腺癌早期发生机制的重要问题。该数据集正是针对这一背景，通过高灵敏度的单细胞 DNA 测序技术，在无病女性的正常乳腺组织中寻找并刻画罕见的非整倍体上皮细胞，同时结合空间转录组技术，试图在组织原位背景下揭示这些细胞的分布规律。该数据集属于肿瘤/乳腺癌分类，来源于 NCBI，主题标签为原始序列读段。
【数据内容】
该数据集包含两类主要数据。第一类为高通量单细胞 DNA 测序（scDNA-seq）数据，覆盖 55,321 个上皮细胞，这些细胞分离自 31 名无病女性的乳腺组织，用于分析拷贝数变异。第二类为空间转录组数据，采用 Visium 10X Genomics 平台，对 3 名在 scDNA-seq 中检测到非整倍体细胞的女性进行空间转录组分析，以解析非整倍体上皮细胞在原生乳腺组织中的空间组织。数据集的主题标签为原始序列读段，表明其包含原始测序读段数据。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。样本来源为 31 名无病女性的乳腺组织，其中 3 名女性在 scDNA-seq 中检测到非整倍体细胞，并进一步进行了空间转录组分析。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及受试者纳入排除标准等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究正常乳腺组织中罕见非整倍体上皮细胞的基因组特征及其空间分布。具体而言，可用于分析上皮细胞的拷贝数变异、探索非整倍体细胞在乳腺组织中的存在频率，以及结合空间转录组数据研究这些细胞在原生组织背景下的空间组织模式。此外，该数据集也可为乳腺癌早期发生机制、正常组织体细胞突变与拷贝数变异研究提供参考。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以原始序列读段形式提供，用户可根据 NCBI 相关平台的数据访问规范进行下载和分析。对于 scDNA-seq 数据，可进行比对、拷贝数变异检测等分析；对于空间转录组数据，可结合 Visium 10X Genomics 分析流程进行空间基因表达解析。关于具体的数据处理流程、推荐分析工具或参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 31 名无病女性的 55,321 个上皮细胞进行 scDNA-seq 分析，并对其中 3 名女性的样本进行了空间转录组分析。关于数据质量评估指标、测序深度、覆盖度、细胞过滤标准、批次效应以及潜在的技术偏差等，源站未提供。此外，该数据集仅涉及无病女性乳腺组织，不包含乳腺癌患者样本，因此其结论外推至肿瘤状态时需谨慎。关于样本量是否足以代表更广泛人群，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体引用方式、许可协议、数据使用限制以及相关发表文献信息，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1003661
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在本数据集中，我们应用高通量单细胞DNA测序（scDNA-seq）技术，对来自31名无病女性乳腺组织的55,321个上皮细胞进行了拷贝数变异分析。此外，我们还对3名在scDNA-seq中检测到非整倍体细胞的女性进行了空间转录组学（Visium 10X Genomics）分析，以解析这些非整倍体上皮细胞在其原生乳腺组织环境中的空间组织。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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