PRJDB17067：JAM-A表达改变的MCF7人乳腺癌细胞RNA-seq数据
近期研究表明，与正常组织中的水平相比，跨膜型紧密连接蛋白（TJP）在多种癌症中上调，并参与癌症进展。在此，我们研究了跨膜型TJP之一——连接黏附分子-A（JAM-A）在乳腺癌中的表达谱及其新作用
基本信息
资源简介
PRJDB17067：JAM-A表达改变的MCF7人乳腺癌细胞RNA-seq数据
PRJDB17067 是一项针对人乳腺癌细胞 MCF7 的 RNA-seq 数据集，聚焦于连接黏附分子-A（JAM-A）表达改变后的转录组变化。JAM-A 属于跨膜型紧密连接蛋白（TJP）家族，近期研究提示这类蛋白在多种癌症中较正常组织上调，并参与癌症进展。该数据集通过敲除与回补实验改变 MCF7 细胞中 JAM-A 的表达状态，并对相应样本进行 RNA 测序，旨在从表达谱层面揭示 JAM-A 影响乳腺癌恶性表型（如增殖与迁移）的分子机制。数据集来源于 ebi.ac.uk，归类于肿瘤/乳腺癌方向，适合用于乳腺癌细胞转录组分析、JAM-A 功能研究及相关分子机制探索。
【数据集背景】
跨膜型紧密连接蛋白（TJP）在多种癌症中相对于正常组织呈现上调趋势，并被认为参与癌症进展。连接黏附分子-A（JAM-A）是跨膜型 TJP 之一。对手术标本的免疫组织化学分析显示，JAM-A 从原位癌病变阶段即高表达，这与在其他腺癌中的观察类似，并且在浸润性癌中表达更高。JAM-A 的高表达与淋巴结转移、淋巴管受累阳性等恶性特征相关。在 MCF7 人乳腺癌细胞中，JAM-A 敲除与回补实验表明，JAM-A 的表达状态会影响包括增殖和迁移在内的恶性潜能。为揭示这些机制，研究者开展了 RNA 测序工作，本数据集即为该研究产生的 RNA-seq 数据。
【数据内容】
本数据集为 MCF7 人乳腺癌细胞在 JAM-A 表达改变条件下的 RNA-seq 数据。实验涉及 JAM-A 的敲除与回补，以改变细胞中 JAM-A 的表达状态，并对相关样本进行转录组测序。数据集英文名称为“RNA-seq data of MCF7 human breast cancer cells with altered JAM-A expression”，表明其核心内容为 JAM-A 表达改变背景下的 MCF7 细胞 RNA 测序结果。关于样本数量、测序平台、读长、数据量、文件格式等具体技术参数，源站未提供。
【采集与来源】
数据集来源于 ebi.ac.uk。源站描述指出，研究者在 MCF7 人乳腺癌细胞中通过 JAM-A 敲除和回补实验改变 JAM-A 表达状态，并在此基础上开展 RNA 测序，以探究 JAM-A 表达状态影响恶性潜能的相关机制。关于样本采集的具体流程、测序服务的提供方、伦理审批信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌相关的转录组研究与分子机制探索，尤其是围绕 JAM-A 及跨膜型紧密连接蛋白在乳腺癌中作用的研究。具体可用于分析 JAM-A 敲除与回补后 MCF7 细胞的基因表达差异，识别受 JAM-A 表达状态影响的基因与通路，进而为理解 JAM-A 影响增殖、迁移等恶性表型的机制提供数据支持。也可作为乳腺癌细胞系转录组分析的参考数据，用于与其它乳腺癌相关表达数据进行比较研究。关于该数据集在其它疾病或细胞类型中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
使用该数据集时，可围绕 JAM-A 表达改变这一实验变量，对敲除、回补及相应对照样本的 RNA-seq 数据进行差异表达分析、功能富集分析等转录组学分析，以刻画 JAM-A 表达状态变化引起的表达谱改变。由于源站未提供样本分组细节、测序平台与数据处理流程等信息，具体分析设计需结合数据文件中的实际内容确定。关于推荐的分析工具、标准化方法或参考基因组版本，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 MCF7 人乳腺癌细胞系，实验聚焦于 JAM-A 表达改变的影响，其结论外推到其它乳腺癌细胞系、临床肿瘤样本或体内环境时需谨慎。源站描述中未提供测序深度、重复数、质控指标等质量相关信息，源站未提供。此外，数据集仅覆盖 RNA-seq 层面，关于蛋白水平验证等信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来自 ebi.ac.uk，英文名称为“PRJDB17067: RNA-seq data of MCF7 human breast cancer cells with altered JAM-A expression”。关于具体的引用文献、作者列表、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB17067
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
近期研究表明，与正常组织中的水平相比，跨膜型紧密连接蛋白（TJP）在多种癌症中表达上调，并参与癌症进展。本研究探讨了跨膜型TJP之一——连接黏附分子-A（JAM-A）在乳腺癌中的表达谱及其新作用。手术标本的免疫组化显示，JAM-A在原位癌病变中即高表达，与其他腺癌类似，且在浸润性癌中表达更高。JAM-A高表达与淋巴结转移及淋巴管受累阳性等恶性特征相关。在人乳腺癌细胞MCF7中，JAM-A敲除与回补实验揭示，JAM-A表达状态影响增殖和迁移等恶性潜能。为阐明这些机制，我们对JAM-A表达改变的MCF7细胞进行了RNA-seq。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
