NHLBI TOPMed - NHGRI CCDG:马尔默预防项目(MPP)

马尔默预防项目(MPP)是一个基于社区的疾病预防计划,纳入瑞典南部马尔默市的33,346名居民。邀请1921至1949年间的完整出生队列参与,参与率为71%

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基因组预测乳腺癌心血管风险因素队列研究DNA样本房颤社区预防
NHLBI TOPMed - NHGRI CCDG: Malmo Preventive Project (MPP)

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-23
版本
2

资源简介

NHLBI TOPMed - NHGRI CCDG:马尔默预防项目(MPP)

NHLBI TOPMed - NHGRI CCDG: Malmo Preventive Project (MPP) 是一个以瑞典南部马尔默市社区人群为基础的疾病预防项目所形成的数据集,共纳入33,346名居民。该项目邀请1921至1949年间的完整出生队列参与,参与率为71%,参与者在1974年至1992年间接受筛查,筛查内容涵盖心血管危险因素、酒精滥用和乳腺癌。2002年至2006年间,幸存参与者被邀请参加复查,复查包含采血并从中提取DNA。该数据集由Ellinor, Patrick作为作者,机构为NHLBI BioData Catalyst,于2023年发布,来源站为doi.org,在本站归类于肿瘤/乳腺癌方向。

【数据集背景】

马尔默预防项目(MPP)是一项基于社区的疾病预防计划,覆盖瑞典南部马尔默市的居民人群。项目邀请1921至1949年间的完整出生队列参与,参与率达到71%,最终纳入33,346名居民。参与者在1974年至1992年间接受筛查,筛查重点包括心血管危险因素、酒精滥用和乳腺癌。这一长期社区预防项目为后续的复查、生物样本采集以及基于 register 的结局识别提供了人群基础。

【数据内容】

该数据集所依托的项目在2002年至2006年间对幸存参与者进行复查,复查内容包括采血,并从血液样本中提取DNA。项目从国家登记册中识别出存在 prevalent 或 incident 心房颤动(AF)的受试者,并将带有DNA的病例与同一队列中带有DNA的对照进行1:1匹配,匹配因素包括性别、年龄(±1岁)以及基线检查日期(±1年)。此外,对照还要求其随访时间长于对应的AF病例。数据集在本站分类中归入肿瘤/乳腺癌方向,源站描述同时涉及心血管危险因素、酒精滥用、乳腺癌筛查以及心房颤动相关病例对照设置。

【采集与来源】

数据来源于瑞典南部马尔默市的社区人群。项目邀请1921至1949年间的完整出生队列,参与率为71%,共33,346名居民参与。基线筛查时间为1974年至1992年,筛查内容涵盖心血管危险因素、酒精滥用和乳腺癌。2002年至2006年间,幸存参与者被邀请参加复查,复查包含采血并提取DNA。心房颤动病例通过国家登记册识别,具体识别方式如源站所述。病例与对照的匹配基于同一队列中带有DNA的个体,按性别、年龄(±1岁)和基线检查日期(±1年)进行1:1匹配,并要求对照的随访时间超过对应病例。数据集的来源站为doi.org,作者为Ellinor, Patrick,机构为NHLBI BioData Catalyst,发布时间为2023年。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集可用于涉及乳腺癌筛查背景的社区人群研究,也可用于心血管危险因素和酒精滥用相关筛查信息的研究场景。由于项目在复查阶段采集血液并提取DNA,并围绕心房颤动识别病例与对照,该数据集适用于以心房颤动为结局的病例对照研究设计,尤其是在需要按性别、年龄和基线检查日期进行匹配,并要求对照随访时间超过病例的研究中。此外,该数据集所属的TOPMed与NHGRI CCDG框架提示其可能用于基因组学与人群健康相关分析,但具体分析类型源站未提供。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法、访问流程、数据格式或分析工具说明。使用者需依据来源站doi.org及机构NHLBI BioData Catalyst的相关规定获取进一步信息。

【质量与限制】

该项目参与率为71%,基线筛查覆盖1974年至1992年,复查覆盖2002年至2006年,随访时间跨度较长。病例与对照按性别、年龄(±1岁)和基线检查日期(±1年)进行1:1匹配,并要求对照随访时间超过对应病例,这有助于控制相关混杂因素。然而,源站未提供样本量、缺失数据比例、DNA质量控制指标、心房颤动识别的具体标准或验证方法等详细信息。数据集在本站归类为肿瘤/乳腺癌,但源站描述同时涵盖心血管危险因素、酒精滥用和心房颤动,使用时应结合具体研究问题判断适用性。其他质量与限制信息源站未提供。

【引用与许可】

作者为Ellinor, Patrick,机构为NHLBI BioData Catalyst,发布时间为2023年,来源站为doi.org。许可信息源站未提供。

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

马尔默预防项目(MPP)是一项以社区为基础的疾病预防计划,纳入了瑞典南部马尔默市的33,346名居民。该项目邀请了1921—1949年间出生的完整出生队列,参与率为71%。参与者在1974年至1992年间接受了心血管危险因素、酒精滥用和乳腺癌的筛查。2002—2006年间,存活参与者被邀请参加复查,复查包括采血并从中提取DNA。既往或新发房颤受试者按前述方法从国家登记数据库中识别,随后将携带DNA的病例按性别、年龄(±1岁)和基线检查日期(±1岁)与同一队列中携带DNA的对照进行1:1匹配。此外,对照的随访时间需长于相应房颤病例的随访时间。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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